La versión instalada es la 2.8
Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos.
El software se encuentra instalado tento en arina como en pendulo, el el directorio
/software/NAMD_2.6. Se ha creado también el script send_namd para enviar trabajos de NAMD.
Como mandar NAMD
Existen dos formas de ejecutar NAMD en Arina y Pendulo:
- Usando send_namd.
- Creando un script torque y enviar esté a la cola.
- send_namd
- Para lanzar al sistema de colas NAMD existe la utilidad send_namd. Al ejecutarlo,
muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación: - Modo de Uso:send_namd JOBNAME PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [«Other queue options» ]
JOBNAME: Nombre del input de NAMD completo, con extensión NODES: Número de nodos PROCS: Número de procesadores. TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad. [``Otras opciones de Torque'' ] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas.
Ver ejemplos más abajo. [intlink id=»244″ type=»post»]Más información sobre estas opciones[/intlink]
Ejemplos:
Mandamos NAMD con el input job1 a 16 procesadores con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:
send_namd job1.namd 2 8:xeon20 04:00:00 1
Mandamos NAMD con el input job2 con 4 procesadores, y con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute despues del trabajo 1234.arinab:
send_namd job2.conf 1 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
- Para lanzar al sistema de colas NAMD existe la utilidad send_namd. Al ejecutarlo,
Monitorización de los cálculos:
remote_vi Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos, se puede utilizar remote_vi. Nos enseña con el editor gvim el *.out del cálculo de NAMD (sólo si ha sido enviado usando send_namd).
Ejemplos:
- remote_vi 38143.arina
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