Programas a utilizar

En esta sección encontrarás:
  1. ¿Para qué se utiliza TREOR90?
  2. ¿Qué necesita TREOR90 para funcionar?
  3. Organigrama de ficheros
  4. ¿Qué información nos da TREOR90?
  5. Instalación y utilización del programa TREOR90
  6. Referencias

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TREOR90

En esta sección no se incluyen cuestiones generales que ya han sido tratadas durante la descripción del programa DICVOL91. Si no has visitado aquella sección, hazlo ahora, antes de continuar.

1.- ¿Para qué se utiliza TREOR90?
TREOR90 es un programa de indexación de diagramas de rayos X en muestra policristalina basado en el método prueba error. En él se incluyen todos los sistemas cristalinos. Está basado en el algoritmo de Werner, que realiza una búsqueda semiexhaustiva en el espacio de índices de Miller (no realiza pruebas con todas las combinaciones posibles de índices, sino que elimina algunas imposibles o redundantes). En base a estos cálculos, el programa propone distintas soluciones (celdas elementales).

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2.- ¿Qué necesita TREOR90 para funcionar?
La información que necesita el programa TREOR90 es la misma que la que utiliza DICVOL91. Se debe realizar una selección de los máximos del difractograma, ya que generalmente utilizando aproximadamente 20-25 máximos TREOR90 puede encontrar una solución fiable.

Recuerda que debes seleccionar los máximos más intensos y que posean unos espaciados reticulares mayores, es decir, valores angulares 2q menores. Además, los máximos seleccionados deben ser los más estrechos.

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3.- Organigrama de ficheros
En el esquema se indican las extensiones de los ficheros de entrada y salida del programa TREOR90:
  • nombre.inp: Entrada al programa. Contiene la lista de máximos de difracción y las órdenes para la ejecución.
  • nombre.cnd: Fichero con la mejor solución.
  • nombre.out: Fichero con toda la información de la ejecución.

El formato mínimo del fichero de entrada es el siguiente [abre el ejemplo del fichero de entrada para poder seguir mejor la explicación]:

  • línea 1: título
  • línea 2 y siguientes: espaciados reticulares en Å (d) o ángulos 2q en grados
    ...
  • línea en blanco
  • líneas siguientes: PARÁMETROS DEL PROGRAMA (con coma al final y siempre en mayúsculas)
  • última línea: END*,

El programa tiene asignados unos parámetros por defecto, que se pueden variar. Si no se indica ningún parámetro, TREOR90 utilizará los valores por defecto. El único parámetro que no tiene valor por defecto, y que es imprescindible introducir, es CHOICE. Se escribe CHOICE=3, si las reflexiones van en 2q, y CHOICE=4, si se introducen valores de espaciado reticular.

De entre el resto de parámetros caben destacar los siguientes, de los que se muestran los valores por defecto:

  • VOL=2000, volumen máximo de la celda unidad
  • MERIT=10, figura de mérito mínima necesaria para dar por buena una celda unidad.

Estos parámetros se pueden variar a gusto del cristalógrafo, teniendo en cuenta el material en estudio y la marcha de la indexación. El programa busca, en un principio, por defecto, en los sistemas de mayor simetría (cúbico, tetragonal, hexagonal y rómbico).

Para explorar el sistema monoclínico es necesario utilizar el comando MONO=120, (120 se refiere al valor máximo que puede tener el ángulo β). Para que busque soluciones en el sistema triclínico es necesario poner la orden TRIC=1,.

Todos estos comandos se deben escribir en mayúscula, y deben introducirse entre las órdenes CHOICE=3, y END*,
Ejemplo: ejemTRE.inp

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4.- ¿Qué información nos da TREOR90?
Los resultados de los cálculos son guardados en los ficheros de salida. El programa da por buena la primera celda que encuentra con una figura de mérito M(n) superior a la señalada en la orden MERIT (el valor por defecto es MERIT=10) y que únicamente tenga un máximo de difracción sin indexar. En este momento se interrumpen los cálculos, y la solución es almacenada en el fichero nombre.cnd.

En caso de no encontrar una solución que cumpla estas condiciones, el programa continua su búsqueda, hasta terminar los cálculos. Toda la información se almacena el el fichero nombre.out.

Como ya se ha comentado para el caso del programa DICVOL91, la figura de mérito M(n) es un número que mide el promedio de la diferencia entre los espaciados reticulares de las líneas que introducimos como datos y los de las líneas correspondientes que se calculan a partir de los parámetros de la celda solución. Por lo tanto, a la hora de examinar las soluciones tenemos que considerar la figura de mérito M(n): cuanto mayor sea mejor indexado estará el diagrama de difracción.

Una celda debe indexar todos los máximos de difracción. No se debe aceptar una celda elemental como válida si deja algún máximo sin indexar, a no ser que se pueda dar una explicación (tal vez corresponda a una impureza, sea demasiado ancha, o corresponda a más de un máximo y están solapados). Así, puede que este máximo sea indexado posteriormente mediante los programas de afinamiento de la celda unidad.

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5.- Instalación y utilización del programa TREOR90
La instalación del programa es sencilla. Debes pinchar con el botón derecho del ratón en WTREOR90.exe y seleccionar la opción {Guardar destino como...}. Indica la carpeta de tu ordenador donde vas a trabajar con el programa y tendrás una copia del mismo en tu directorio de trabajo. También puedes salvar en el mismo directorio un ejemplo de fichero de entrada al programa pinchando en ejemTRE.inp {Clic derecho -> Guardar destino como -> Teclea el nuevo nombre de fichero y selecciona el mismo directorio para guardarlo}. El manual lo encontrarás en treor90.txt.

Para ejecutar el programa TREOR90 debes preparar con tu editor de ficheros favorito el fichero de entrada al programa que guardaste en tu ordenador. Después, haz doble clic sobre el icono del programa y selecciona el fichero de entrada en la ventana que te aparezca. TREOR90 se encargará del resto.

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6.- Referencias

El programa TREOR90 está disponible para su uso en el ámbito docente e investigador de forma gratuita. La versión incluida en esta práctica guiada es la adaptada al sistema operativo Microsoft Windows.

  1. BASIC PRINCIPLES:   WERNER,P.-E., Z.KRIST. 120 (1964) 375-387.

  2. WERNER,P.-E., ERIKSSON,L. AND WESTDAHL,M., TREOR, A SEMI-EXHAUSTIVE TRIAL-AND-ERROR POWDER INDEXING PROGRAM FOR ALL SYMMETRIES, J.APPL.CRYSTALLOGR. 18(1985)367-370.

  3. REFINEMENT OF UNIT CELL:  WERNER,P.-E., ARKIV KEMI 31(1969) 513-516.

  4. FIGURE OF MERIT: DE WOLFF,P.M., J.APPL.CRYSTALLOGR. 1(1968)108-113.

  5. GEOMETRICAL AMBIGUITIES:  MIGHELL,A.D. AND SANTORO,A., J.APPL. CRYSTALLOGR. 8(1975)372.

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Última actualización: 03/12/2004