PROTEOMIKA

Ekipamendua: Datuak prozesatzeko eta aztertzeko plataforma informatikoak.

____________________________________________________________________________

Deskribapena: Proteomics Core Facility-k hainbat tresna informatiko ditu LC-MS/MS esperimentu mota desberdinen prozesamendu eta analisi egokia egiteko.

• Discoverer 2.5 proteoma (Thermo Scientific).
• Spectronaut 15 (Biognosis).
• MaxQuant-Perseus (Nat. Protocols. 11: 2301-19; Nature Methods. 13: 731-40).
• Skyline (Mass. Specrtrom. Berrik. 39: 229-44)
• DIA-NN (Nat. 17:41-44).

____________________________________________________________________________

Aplikazioak:

• Proteome Discoverer eta MaxQuant-Perseus plataformak datuen mendeko eskurapenean (DDA) oinarritutako esperimentuak aztertzeko erabiltzen dira.
• Spectronaut eta DIA-NN plataformak Datuak Modu Independentean Eskuratzeko (DIA) esperimentuak aztertzeko erabiltzen dira. MaxQuant-Perseus eta Skyline ere erabil daitezke analisi mota honetarako.
• Skyline, batez ere, ikuspegi espezifikoetan eskuratutako datuetarako erabiltzen da, hala nola, erreakzio paraleloen monitoreorako (PRM).

Plataforma horiek zure proiekturako egokiak ez badira, jar zaitez gurekin harremanetan. Zure beharrak asetzeko tresna egokiak aurkitzen saiatuko gara.

____________________________________________________________________________

Arduraduna (k): Kerman Aloria

Kokapena: Marya Goyri Bioteknologia Zentroa

Sarriena auzoa z.g. 48940. Leioa. Bizkaia.