Irakasgai honek zenbait patologia tratatzeko molekula-mailako ezagutza aplikatzen saiatzen da. Horretarako, zenbait metodo esperimental aztertzen dira, patologia horietan parte hartzen duten molekulen ezagutza-mailaren arabera, eta arreta berezia jartzen da dianen egitura-xehetasunak ezagutzen diren molekuletan. Azken ikasturteko bigarren lauhilekoko irakasgaia denez, ikasleak lan integratzaile hori egiteko behar den oinarrizko ezagutza du. Ikasgaiaren helburu orokorra da ikaslea gai izatea makromolekulen egiturari buruz duen ezagutza orokorra mobilizatzeko, farmakoak diseinatzeko eta optimizatzeko protokoloak ulertzeko.

Irakasgaia bi modulutan banatuta dago. Lehenengoan, proteinen egonkortasuna eta tolestura kontzeptuak eta prozesu patologikoekin duten erlazioa garatzen dira. Halaber, egoera patologikoen aurrean zelulek ematen duten erantzuna eta aplika daitezkeen terapiak. Bigarrenean, makromolekulen arteko elkarreraginak aztertzen dira modu sistematikoan: proteinak, azido nukleikoak eta lipidoak.

Haien artean konplexu egonkorrak eratzea eta haien afinitate erlatiboa erregulatzea ahalbidetzen duten elkarrekintza motak deskribatzen dira. Proteina-loturen elkarreragineko gaien blokean, proteina-inhibitzaileak diseinatzeko eta optimizatzeko oinarrizko kontzeptuak deskribatzen dira. Graduaren azken urteko bigarren lauhilekoan ematen den ikasgaia denez, ikasleak bereganatutako ezagutza orokorra erabiliko du (proteinen egitura, metabolismoa, termodinamika...). Ezagutza horiek integratzen saiatuko gara, proiekzio aplikatua emateko.



Edukiak

Proteinen konformazio-egonkortasuna. Proteinen tolestura. Proteinen tolesturarekin lotutako patologiak. Proteina elkarrekintzak estekatzen. Botiken diseinua. Proteina eta proteina elkarrekintzak. Proteina-azido nukleikoak elkarrekintzak. Proteina eta lipido elkarrekintzak. Egituren ingeniaritza. Funtzio proteikoen diseinua.



Ebaluazio-sistema

Irakaskuntza magistrala proba idatzien bidez ebaluatuko da, hala nola erantzun anizkoitzak eta galdera laburrak (%50-65). Halaber, irakasgaiarekin zerikusia duen gai bati buruzko lan monografikoa egingo du, eta mintegietan azalduko da (% 10-15). Ordenagailuarekin lotutako jarduerak ere baloratuko dira (% 20-25).

1. Botiken diseinua. Diseinu-zikloa. Diseinu arrazionala eta konbinatorioa. Gai aktibo baten espezifikotasuna, afinitatea eta moldagarritasuna. Inhibitzaileak optimizatzea.

2. Botikak diseinatzeko metodo konputazionalak (CADD). Molekular docking-a, liburutegi birtualen bahetzea, LBDD, SBDD, QSAR, docking atzealdea. Botiken birposizionamendua.

3. Patologia konformazionalak, diana gisa. Proteinen tolestura. Estatu natiboa eta desnaturalizatua. Desnaturalizazio-oreka. Proteinen egonkortasun termodinamikoa. Konformazioaren egonkortasuna neurtzea. Proteinen egonkortasuna eta garrantzi erlatiboa bultzatzen duten elkarrekintzak. Malgutasunak proteina-funtzionaltasunean duen garrantzia (berez desordenatutako proteinak). Anfinsenen esperimentua. Levinthal-en paradoxa. Tolesturaren etapak (bitartekariak). Tolesturaren alderdi termodinamikoak eta zinetikoak. Trantsizio egoerak eta bitartekoak. Tolesturak zenbait prozesu fisiologiko eta patologikotan dituen ondorioak. Proteinen tolestura eta patologia. Proteinen agregazioaren eta chaperonen arazoa. Molekula barneko eta molekulen arteko chaperonak. Proteinen toleste akastunarekin zerikusia duten patologiak: gaixotasun amiloidogenikoak. Patologia horiei lotutako konformazio-trantsizioen ezaugarriak (prioia, transtirretina...). Tolestura akastunaren eta proteina-agregazioaren erantzun zelularrak. Chaperona farmakologikoak. Gaur egungo terapiak eta haien kritika.

4. Proteina elkarrekintzak. Elkarreragineko gainazalen izaera. Botiken diseinua. Berez desordenatutako proteinak. Proteinen arteko elkarrekintza-mekanismoak.

5. Proteina-azido nukleikoak elkarrekintzak. Proteina-azido nukleikoak elkarrekintzak, azido nukleikoen funtzioak modulatzen dituzten estekatzaileak, ordezko egiturak, hala nola diana.

6. Lipido-proteina elkarrekintzak. Lipido-proteina elkarrekintzak, lipido-proteina elkarrekintzak aztertzeko metodoak. Elkarreraginen modulatzaileak.

Eskola teorikoak, lau ikasleko taldeetan ematen den irakasgaiaren ikerketa artikulu adierazgarrien defentsa eta kritika, gelako praktikak eta ordenagailuko praktikak.

• Azken Ebaluazioaren Sistema
• Kalifikazioko tresnak eta ehunekoak:
  • Garatu beharreko proba idatzia (%): 65
  • Praktikak egitea (ariketak, kasuak edo buruketak) (%): 10
  • alde lanak (arazoen ebazpenak, proiektuen diseinuak) (%): 15
  • Lanen, irakurketen... aurkezpena (%): 10

ETENGABEKO EBALUAZIOA



- Banakako ordenagailu-praktikak (%10)

- Ikasgelan proposatutako arazoak konpontzea (%10)

- Irakasgaiarekin zerikusia duen gai bati buruzko lan monografikoa, taldean aurkeztuko dena (% 10).

- Idatzizko azterketa (%70)



Batez bestekoa ehuneko horietan oinarrituta egiteko, azterketa idatzian 5 baino gehiago lortu behar da.



Etengabeko ebaluazioan parte hartu nahi ez duten ikasleek zilegi izanen dute ebaluazio horri ofizialki uko egitea, irakasle arduradunei zuzendutako idazki baten bidez. Idazki horrek gehienez ere 9 asteko epea izanen du lauhilekoa hasten denetik hasita.



AZKEN EBALUAZIOA



Azken ebaluazioan, idatzizko azterketa notaren% 100 kontatuko da. Azterketa horretan etengabeko ebaluazioan egindako jarduera osagarriei dagozkien ariketak edo galdera osagarriak sartzen ahalko dira.



ETENGABEKO EBALUAZIOARI UKO EGITEA



Ebaluazio jarraituaren kasuan, ikasleek deialdiari uko egiten ahalko diote, irakasgaiaren irakaskuntza aldia bukatu baino hilabete lehenago gutxienez. Ukoa idatziz aurkeztu beharko zaio irakasgaiaren ardura duten irakasleei.



AZKEN EBALUAZIOARI UKO EGITEA



Azterketen egun ofizialean ezarritako probara aurkezten ez bada, dagokion deialdiari automatikoki uko egingo zaio.

Aparteko deialdian ebaluazio arruntean erabiltzen diren irizpide berak erabiliko dira, jarduera osagarriak gainditu ez dituzten ikasleekin izan ezik. Kasu horretan, idatzizko azterketa notaren% 100 izanen da. Azterketa horretan etengabeko ebaluazioan egindako jarduera osagarriei dagozkien ariketak edo galdera osagarriak sartzen ahalko dira.



UKO EGITEA



Azterketen egun ofizialean ezarritako probara aurkezten ez bada, dagokion deialdiari automatikoki uko egingo zaio.

Ez dago ikasgaiko gai guztiak biltzen dituen testulibururik; ikasleak eskola magistraletan azalduko diren argitalpen zientifikoak kontsulta ditzake.

Oinarrizko bibliografia

-Creighton, T.E. "Protein Structure. A practical Approach". IRL Press, 1990.

-Branden, C. eta Tooze, J. "Introduction to protein structure". 2nd Edition. Garland Publishing, 1999.

-Creighton, T. E. "Proteins. Structures and molecular properties". W. H. Freeman & Co., 1994.

Gehiago sakontzeko bibliografia

-Fersht, A. "Structure and mechanism in protein chemistry". W.H. Freeman & Co., 1999.
-Lesk, A. M. "Introduction to protein architecture". Oxford University Press, 2000.
-Gómez-Moreno, C eta Sancho J. (coords.) "Estructura de proteínas". Ariel Ciencia, 2003.

Aldizkariak

Ikasgaian landutako gaien gaineko berrikuspenak, aldizkari espezializatuetan argitaratzen direnak.

Web helbideak

http://www.rcsb.org/pdb/
Protein Data Bank (PDB):
http://pdb-browsers.ebi.ac.uk/
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/
http://www.umass.edu/microbiol/rasmol
http://www.ebi.ac.uk/
http://www.expasy.ch/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://cmm.info.nih.gov/modeling/
http://www.csb.yale.edu