Oinarri praktikoa duen Biokimikako Metodo Aurreratuak irakasgaian, teknika espektroskopikoen bidez biomolekulen egitura eta hauen arteko interakzioak aztertuko ditugu. Horretaz gain, eta espektroskopiaz egindako lanen osagarritzat, immunokimika-teknikak erabiliko ditugu ligando eta hartzaileen arteko interakzioa experimentalki aztertzeko, eta zelula eukariotoekin ere entseguak egingo ditugu kaltzio dinamikak aztertzeko. Eduki teorikoei dagokienez, laborategian experimentuak aurrera eramateko protokoloak nola aztertu eta diseinatu ikasiko dugu; eta osagarri gisa, X izpien bidezko kristalografiaren inguruan oinarrizko nozioak ere irakatsiko dira.

Ikaslegoaren formakuntza helburua izanik, maila molekularrean gertatzen diren prozesuak deskribatzeko ikerketa- eta diagnosi-laborategietan ohikoak diren espektroskopia-tekniken oinarriak, instrumentazioa eta aplikazioak landuko ditugu. Horrela, irakasgai honetan Espektroskopia irakasgaian landutako eduki teorikoak praktikan aplikatzeaz gain, Biologia Estrukturala naiz Zelulen Seinaleztapena irakasgaietan jasotakoarekin ere lotura egingo dugu, proteinen egituran sakonduko baitugu eta proteinen eta zelula-mintzaren arteko interakzioen osteko seinalizazio prozesuak ulertzen lagungarri izango baizaizkigu, hurrenez hurren.

Irakasgai honetan aurreko ikasturteko oinarri teorikoak garatuko dira; horretarako, espektroskopia teknikak erabilita, biomolekulen egituren ezaugarriak eta molekulen arteko elkarrekintzak aztertuko dira.



Zeharkako gaitasunak:

T2 Ikaskuntza autonomoa eta egoera berrietara egokitzea.

T3 Ideiak transmititzea eta publiko profesional eta ez profesional bati komunikatzen jakitea, atzerriko hizkuntzen erabilera bultzatuz, batez ere ingelesarena.

T4 Diziplina eta kultur anitzeko taldeetan elkarlanean aritzea eta lan egitea, genero-berdintasuna errespetatuz.

T6 Sormen- eta ekintzailetza-gaitasuna garatzea: proiektuak formulatzea, diseinatzea eta kudeatzea, ezagutza eta jarrera berriak bilatzea eta integratzea.

T7 Gizarte-eztabaidan konpromiso etikoa eta parte hartzeko gaitasuna garatzea.

T8 Molekula biologikoen portaera, propietateak eta elkarrekintzak ulertzeko beharrezkoak diren oinarri zientifikoak ezagutzea.

T10 Organismoak zelula- eta molekula-mailara arte ezagutzea.

T13 Herentziaren oinarri molekularrak eta aurrerapen zientifikoan dituen inplikazioak ulertzea.

T14 Metabolismoaren, komunikazio zelularreko sistemen eta aldaketa fisiopatologikoetara eta ingurumenekoetara egokitzeko gaitasunaren ikuspegi integratua eskuratzea.

T16 Laborategi batean modu egokian lan egitea, segurtasun kimikoa, biologikoa eta erradiologikoa, manipulazioa, ezabaketa eta erregistroa barne.

T18 Datuak aztertzeko oinarrizko tresna kuantitatiboak behar bezala erabiltzea.

T19 Ikerketa biokimikoan erabilitako estrategia esperimentalen oinarriak ezagutzea.

T20 Arloari dagozkion datu eta emaitza esperimentalak behar bezala aztertzea eta interpretatzea.

T21 Teknika instrumentalei buruzko oinarrizko ezagutzak behar bezala maneiatzea, informazioa lortzeko, esperimentuak diseinatzeko eta emaitzak interpretatzeko.

T22 Zientzialariek informazio zientifikoa sortzeko, transmititzeko eta zabaltzeko erabili ohi dituzten prozedurak ezagutzea.

T23 Eskuratutako ezagutza molekularrak eta horiek izan ditzaketen aplikazio biomedikoak lotzea.

T24 Arloko literatura zientifikoa interpretatzea eta ebaluatzea.

T26 Autonomia eta autoerregulazioa.

T 27 Komunikazioa eta eleaniztasuna.

T28 Etika eta Lanbide Erantzukizuna.

T29 Pentsamendu kritikoa.



Gaitasun espezifikoak:

MO4.1 Biokimikako eta Biologia Molekularreko teknika nagusien printzipioak, instrumentazioa eta aplikazioak ezagutzea.

MO4.4 Substantzia isolatuak zelula bizietatik bereizteko eta horien egiturak eta propietate kimikoak eta funtzionalak zehazteko gaitasuna.

MO4.5 Teknika espektroskopikoen bidez lortzen diren biomolekulen konposizio-emaitza dinamikoak interpretatzea.



- ODS3 eta ODS4 landuko dira.

- Proteinen egonkortasun konformazionala. Espektroskopia diferentzialaren bidez Gibbsen energia askearen aldakuntza kalkulatzea. Proteinen Cm-n konparaketa.

- Makromolekulen dikroismo zirkularreko espektroen analisia. Proteinen bigarren mailako egitura eta egonkortasun termikoko parametroak zehaztea.

- Proteina-mintza interakzioa. Fluoreszentziaren anisotropia bidez proteina-mintza loturaren ondorioak zehaztea.

- FRET. Proteina-proteina interakzioetan molekulen arteko distantziak kalkulatzea.

- Immunofluroszentzia bidezko ligando-hartzaile lotura (ELISA) detektatzea. Lortutako datuak aztertzea (EC50).

- Zelula eukariotoen azterketak. Zelulen bideragarritasunaren analisia eta fluoreszentzia bidezko kaltzio intrazelularraren dinamikaren azterketa.

- TEM irudi bidez nanokonposatu proteo-lipidikoak ezaugarritzea.

- X izpien difrakziorako sarrera. Proteinen egituraren 3D bereizmena.

Irakasgaiak eskola magistralak (M) izango ditu, non praktika-protokoloen diseinuan sakonduko da; mintegiak (S), non bereizmen handiko tekniketan sakonduko da, bai eta mahai-inguruak izango ditugun ere Biokimikako eta Biologia Molekularreko ikasleen irteera profesionalak lantzeko; laborategiko praktikak (GL), non eduki teoriko-praktikoak lantzeko aukera ematen duten teknikak erabiliz esperimentuak egingo dira; eta ordenagailu praktikak (GO), non datu esperimentalak emango dira hauen analisi/azterketa kuantitatiboa egiteko.



Irakasgaian zehar ikerketan oinarritutako ikaskuntza landuko da bereziki.

• Azken Ebaluazioaren Sistema
• Kalifikazioko tresnak eta ehunekoak:
  • alde lanak (arazoen ebazpenak, proiektuen diseinuak) (%): 100

Laborategiko eta ordenagailuko praktiken emaitzak batera integratuko dira TFG formatuko ikerketa-lan batean, ikerketa-artikulu bat simulatuz.



Indarrean dagoen araudiaren arabera, ebaluazio jarraituko sistemari uko egin nahi dioten eta azken ebaluazioa aukeratu nahi duten ikasleek idatziz jakinarazi beharko diete irakasgaiaren ardura duten irakasleei, lauhilekoa hasi eta 9 asteko epean.



Ikasle batek ohiko deialdiari uko egin nahi badio, azterketen data ofizialean ezarritako probara ez aurkezteak dagokion deialdiari automatikoki uko egitea ekarriko du, eta "Aurkeztu gabea" nota lortzea.



Ebaluazioa honela banatzen da:

- Laborategiko eta ordenagailuko praktikak egitea 2-3 pertsonako taldeetan, eta TFG formatuko memoria batean sartzea: % 100

Laborategiko eta ordenagailuko praktiketara joatea nahitaezkoa da, kontrolatu egingo da asistentzia eta bertaratze-orriak emango dira praktikak egiten diren egunean bertan, hala eskatzen bada.

Azterketen egun ofizialean ezarritako probara aurkezten ez bada, automatikoki uko egingo zaio dagokion deialdiari eta "Aurkeztu gabea" nota lortuko da.

Irakasgaiaren eGela web-gunea. Bertan, irakasgaiak behar bezala funtzionatzeko behar den informazioa jarriko da.

Oinarrizko bibliografia

- Estructura de proteínas, Gómez-Moreno C., Sancho, J (2003), ed. Ariel Ciencia

- Biological Spectroscopy, Campbell I.D. and Dwek, R.A. (1984), Benjamin Cummings

Gehiago sakontzeko bibliografia

- Biophysical Tools for Biologists,Volume One: In Vivo Techniques. J.J.Correia y H.W.Dietrich III en: Methods in Cell Biology vol 89, (2008) Elsevier
- Methods in Molecular Biophysics. Structure, dynamics, function. I.N. Serdyuk, N.R. Zaccai, J. Zaccai (2007) Cambridge
- Spectroscopy for the Biological Sciences. G.G.Hammes (2005) Wiley Interscience.
- Principles of Fluorescence Spectroscopy. 3 ed J.R. Lakowicz. (2006) Springer.
- Spectroscopy for Biochemist. S.B. Brown (1980) Academic Press
- Principles of Physical Biochemistry. K. E. van Holde, W. Curtis Johnson and P. Shing Ho. (1998) Prentice Hall.
- Molecular Spectroscopy J.M. Brown. (1998) Oxford University Press.
- Foundations of Spectroscopy S. Duckett and B. Gilbert. (2000) Oxford University Press.
- Spectrometry and Spectrofluorimetry. A Practical Approach. C.L. Baschford and D.A. Harris. (1987) IRL Press.
- Spectrophotometry and Spectrofluorimetry M.G. Gore. (2000) Oxford University Press, 2000
- Introduction to Biophysical Methods for Protein and Nucleic Acid Research. J.A. Glasel y M.P. Deutscher (eds.) (1995). Academic Press.
- Biophysical Chemistry. Part II: Techniques for the study of biological structure and function. C. R. Cantor and P. R. Schimmel. (1980) W. H.Freeman and Company.
- Protein Structure: a practical approach. T. E. Creighton. (1990) IRL Press at Oxford University Press.
- Cell and Molecular Biology: concepts and experiments. G. Karp. (1996) J. Wiley and Sons, Inc

Aldizkariak

- Nature
- Nature Methods
- Annual Review o0f Biophysics
- Biophysical Journal
- Biochemistry

Web helbideak

http://www.ysbl.york.ac.uk/%7Ecowtan/sfapplet/sfintro.html
http://biomodel.uah.es/lab/dc/inicio.htm