Oinarrizko Metodologia Biokimikoa ikasgaia, ikasgai praktikoa dugu ia bere osotasunean. Ikerketa-zentro, bioteknologia-industria edo akademiako laborategietan lan egiteko oinarrizkoak diren ezagutzak jasoko dituzue. Bibliografiaren erabilera, esperimentuen diseinua, segurtasuna laborategian eta etika landuko ditugu lehen lauhilekoan; aipaturiko ezagutza hauek graduan zehar ikerketa-lanak aurkezteko orduan baliagarriak izango zaizkizue. Bigarren lauhilekoan, graduan zehar laborategiko jardueratan erabiliko dituzuen tekniken oinarrizko ezagutza eta trebetasuna jasoko duzue. OMBko 2. lauhilekoko ikaskuntza aktibitateek lotura zuzena izango dute 2. mailako Teknika instrumentalak izeneko ikasgaiarekin, non kromatografia, elektroforesia eta proteinen purifikazioaren inguruko gaietan sakonduko den. Aipatzekoa ere 1. mailako Biokimika I ikasgaiaren laborategi praktiketako jarduerekiko osagarritasuna ere baduela OMBk.

Etorkizunean ikerketa-zentro, bioteknologia-industria edo irakaskuntza-erakundeetan lan egitea ahalbidetuko dizuen formazioa jasotzea da ikasgai honen helburu orokorra. Horretarako landuko diren gaitasun espezifikoak (M) eta zeharkakoak (G) eta bakoitzaren ikaskuntza-emaitzak (IE) jarraian zehazten dira:



Espezifikoak



M04.1 - Biokimikako eta Biologia Molekularreko teknika nagusien oinarriak, instrumentazioa eta aplikazioak eta Bioteknologian duten erabilgarritasuna ezagutzea.



IE1- Ikaslea gai izango da metodologia biokimikoko oinarrizko teknikak deskribatzeko eta erlazionatzeko.

IE2- Ikaslea gai izango da arazo biokimiko zehatzak ebazteko protokolo esperimentalak diseinatzeko eta interpretatzeko.



M04.2 - Laborategiko protokoloak behar bezala gauzatzea Bioteknologian eta Biokimikan eta Biologia Molekularrean.



IE3- Ikaslea gai izango da oinarrizko instrumentazioa eta biokimikan gehien erabiltzen diren metodo esperimentalak trebetasunez erabiltzeko.

IE4- Ikaslea gai izango da laborategian jardunbide egokiak azaltzeko eta gauzatzeko.

IE5- Ikaslea gai izango da datu kuantitatibo zehatzak lortzeko ariketa teoriko-praktikoak ebazteko.



M04.7 - Iturri bibliografikoetatik eta datu-base biologikoetatik eta beste tresna bioinformatiko batzuetatik informazioa behar bezala ateratzea eta aztertzea.



IE6- Ikaslea gai izango da bere arloko literatura zientifiko-teknikoa maneiatzeko eta eskuratutako ezagutzei aplikatzeko.



Zeharkakoak



G001 - Metodo zientifikoa modu kritikoan aztertzeko, laburtzeko eta arrazoitzeko gaitasun egokia lortzea.



IE7- Ikaslea gai izango da lortutako emaitza esperimentalak deskribatzeko, kuantifikatzeko, aztertzeko eta kritikoki ebaluatzeko, eta emaitza horietatik ondorioak ateratzeko.

G002 - Etengabeko ikaskuntza autonomoa garatzea, ekimena eta egoera berrietara egokitzea sustatuz.

IE8- Ikaslea gai izango da hartzen dituen erabakiak, jokoan jartzen dituen ezagutzak, ikasteko dituen zailtasunak eta horiek gainditzeko modua kudeatzeko.



G003 - Ideiak transmititzeko eta entzuleria profesional eta ez-profesional bati jakinarazteko gaitasuna eskuratzea, atzerriko hizkuntzak, batez ere ingelesa, erabiltzea bultzatuz.



IE9 - Ikaslea gai izango da idatzizko komunikazio espezializatuan erabiltzen diren egiturak eta arauak erabiltzeko eta dokumentu akademikoak edota zientifikoak egiteko.

IE10 - Ikaslea gai izango da bere ideiak eta argudioak ahoz komunikatzeko, modu ulergarrian eta ezarritako irizpide formalen arabera.

Oinarrizko Metodologia Biokimikoa irakasgaiaren eduki teorikoa eta praktikoa 3 bloke orokorretan bana daiteke:



1. BLOKEA. Esperimentaziorako eta informazio- eta komunikazio-teknologietarako sarrera.



1. gaia: Artikulu eta aldizkari zientifikoak. Bibliografia bilaketak. Zientzia artikuluen datu-biltegiak. PubMed izeneko datu-biltegia. Science Citation Index.

2. gaia: Metodo zientifikoa ikerketa biokimikoan eta gogoeta etikoak. Metodo zientifikoa biokimikako ikerkuntzan. Hipotesi bat planteatzea. Esperimentuen diseinua. Emaitzak tratatzea eta balioztatzea. Ondorioak lantzea. Gogoeta etikoak.

Ikasgelako praktikak: Zenbat motatako artikulu zientifikoak aurki ditzakegu?. Argitalpen-sistemari eta aldizkari predatzailei buruzko iritzi- eta eztabaida-artikuluak irakurtzea. Laborategiko oinarrizko kalkuluak berrikustea (kontzentrazioak, diluzioak...). Bradford esperimentu baten emaitzak aztertzea (Excel-en erabilera: grafiko bat txertatzea, erregresio lineala...). Lan zientifiko baten idatzizko komunikazioari buruzko jarraibideak eta gomendioak (praktiken txostenak idazteko aurrejakintza)...

Ordenagailu-praktikak: bilaketa bibliografikoa eta bibliometria.



2. BLOKEA. Esperimentazioa biokimikan. Sistema zelularrak eta zatikapen azpizelularra.



3. gaia: Biokimikako laborategian egoki jardutea. Biokimikako laborategian lana modu egokian egitea, segurtasuna. Arriskuak aurreikustea (arrisku fisiko, kimiko, biologiko eta erradiologikoak). Segurtasun neurri orokorrak eta norbanakoenak. Segurtasun arauak. Larrialdi egoeretako jokabideak.

4. gaia: Esperimentazio mailak Biokimikan. Animalia osoa, organo, ehun edo zelula isolatuekin egindako ikerketak. Molekula mailako ikerketak (egitura eta funtzioa). Zelulen sistemak. Zelula mota ezberdinak banatzeko teknikak: zentrifugazioa, elutriazio zentrifugoa, fluxu zitometria. Zelulen hazkuntzak. Zelulen lerroak. Zelulen kuantifikazioa eta bideragarritasuna. Hemozitometroa.

5. gaia: Zatikapen azpizelularra. Homogeneizatzeko eta erauzkin gordina lortzeko metodoak. prestaketa zentrifugazioa (diferentziala eta dentsitate-gradientean). Zelularen organuluak identifikatzeko entzima markatzaileak. Organuluen bideragarritasuna. Zentrifugazio analitikoa.

Ikasgelako praktikak: Zentrifugazio gaiaren inguruko ariketen eta arazoen ebazpena. Saio esperimentalak burutzeko lan-fluxuen diseinuak.

Laborategiko praktikak:

- Zelulen zatikapena eta proteinen kuantifikazioa.

- Sakarosa-gradientean egindako zentrifugazio bidez kloroplastoak isolatzea.

- Mitokondriak purifikatzea. Bideragarritasun mitokondriala zehaztea.



3. BLOKEA. Biokimikako laborategian erabiltzen diren oinarrizko teknikak.



6. gaia: Prestatzeko eta banantzeko teknikak. Kromatografia. Elektroforesi-teknikak. Agarosa-gelak, Gel natiboak, SDS-PAGE. Fokapen isoelektrikoa. Bi dimentsioko elektroforesia. Elektroforesi kapilarra.

7. gaia: Teknika analitikoak. Espektrofotometria-teknikak. Tresneria: espektroskopia ikusgaia eta ultramorea. Entzima-entseguen diseinua. DNAren desnaturalizazioa eta birnaturalizazioa. Zunden prestaketa eta markaketa. Polimerasaren erreakzio kateatua (PCR). RT-PCR. DNA txipak.

8. gaia: Makromolekulak markatzeko teknika orokorrak eta haien aplikazioak. Erradiokimika-teknikak.. Immunokimika-teknikak. Immunoprezipitazioa. Immunosaioak (ELISA, IRMA, RIA). Identifikazio-teknikak. Western plapaketa. Dot plapaketa.



Ikasgelako praktikak: Kromatografiari buruzko problema praktiko errazak. Elektroforesi-esperimentuen simulagailua: SDS-PAGE. Entzima-erreakzioak kalkulatzeko problemak. PCR eta qPCRei buruzko arazo praktiko errazak. Immunotekniken gaineko arazo praktiko errazak. Erradioaktibitatea kalkulatzeko ariketak eta problemak. Esperimentazio-ariketa teoriko-praktiko konplexuak. Nola egin ahozko komunikazio ona IKT baliabideekin.

Laborategiko praktikak:

- Gel iragazpeneko kromatografia. Proteina baten masa molekularra zehaztea.

- Arrautza-zuringoko lisozimaren purifikazioa ioi-trukeko kromatografia bidez

- Proteinen elektroforesia poliakrilamida-sds geletn egindako banaketa

- Azido nukleikoen elektroforesia agarosa-gelean.

Mintegiak:

- Dibulgazio-mintegiak. GIHekin lotutako egungo gai zientifiko baten komunikazioa (idatzizkoa eta ahozkoa).

Irakaskuntza-metodologian eskola magistralak, ikasgelako praktikak, mintegiak, ordenagailu-praktika eta laborategiko praktikak sartzen dira:



- Eskola magistraletan, irakasleak azalpenak emango ditu irakasgaiaren edukiak azalduz, formatu digitaleko aurkezpen bat eta ikus-entzunezko edukietarako estekak erabiliz (Egelan eskuragarri daudenak). Halaber, ikasleak galderak egitera bultzatuko dira, eta irakasleak galderak egingo ditu, ikasleek hausnartu eta komunikatzeko. Horrela, irakasleak klase magistral bakoitzerako beharrezkoa den atzeraelikadura egin ahal izango du.



- Ikasgelako praktiketan, ikasleek programatutako arazoak eta galderak ebatziko dituzte. Praktika horiek eskola magistral-teorikoen edota laborategiko praktiken material gehigarri gisa erabili ohi dira.



- Ordenagailuko praktiketan, ikasleek Pubmed-eko bilaketa bibliografikoekin eta analisi bibliometrikoekin (kalitate-adierazleak) lotutako ezagutzak aplikatuko dituzte. Gainera, datu-baseei buruzko mintegi bat jasoko dute eta, eskola magistralen informazioarekin, ariketa praktikoak osatuko dituzte, irakasleari zalantzak dituzten galdetu ahal izateko.



- Laborategiko praktikak laborategi batean lan egiteko metodologia eta trebetasun egokiak eskuratzeko modua dira. Hau da, ikasleek eskuzko trebetasuna, behatzeko eta lortutako emaitzak lortzeko, aztertzeko eta horiei buruz hausnarketa egiteko gaitasunak bereganatuko dituzte eta praktika-txostenen bidezko komunikazioa egingo dute. Gainera, laborategiko praktikak estuki lotuta daude irakasgaiaren eduki teorikoarekin; beraz, ikasleek eskola magistraletan bereganatutako ezagutzak aplika ditzakete lan esperimentalaren egoera-arazo erreal batera.



- Mintegi-saioetan, ikasleek Bioteknologiarekin edo Biokimikarekin eta EHUagendan dauden Garapen Iraunkorreko Helburuekin (GIH) lotutako gai bat garatuko dute, eta idatziz eta ahoz jakinaraziko dute zientzia-dibulgazioaren modalitatean.

• Ebaluazio Jarraituaren Sistema
• Azken Ebaluazioaren Sistema
• Kalifikazioko tresnak eta ehunekoak:
  • Lanen, irakurketen... aurkezpena (%): 10
  • Atal honetan bai teoriari (%45) baita laborategi-praktikei (%30) dagozkien ebaluazioez gain, ordenagailu-praktikak (%5) eta ariketak (%10) daude bilduta (%): 90

Teoria azterketa %45: erantzun egokiak, adierazpena, arrazoitzea eta terminologia zientifikoaren erabilera. Erantzunen %50ek zuzenak behar dute izan.

Laborategi Praktikak %30: bertaratzea, jarrera eta txostenaren txukuntasuna, argitasuna eta zuzentasuna; azterketa, erantzunen %50 zuzenak behar dira izan.

Ordenagailu Praktikak %5: bertaratzea, jarrera eta egindako ariketak entregatu.

Mintegia %10: bertaratzea, jarrera, informazioaren antolakuntza eta egituraketa, aztertzeko eta laburbiltzeko gaitasuna, aurkezpenaren argitasuna eta solasaldian parte hartzea.

Ariketak %10: bertaratzea eta problemen ebazpena; azterketa, erantzunen %50 zuzenak behar dira izan.



Ohiko azterketetara (1. lauhilekoko azterketa eta amaierako azterketa) aurkeztu ahal izateko, ikasturtean zehar emandako irakaskuntza mota desberdinetan parte hartu izana ezinbestekoa izango da. Ohiko azterketetan erantzunen %50 zuzena izan behar da ikasgaia gainditzeko.



Azkeneko zein etengabeko ebaluazioaren kasuan, nahikoa izango da proba horretara ez aurkeztea azken kalifikazioa <> izan dadin.



Irakasgai honen ebaluazioa "Graduko Titulazio Ofizialetako Ikasleen Ebaluaziorako Arautegia” eta “Protokoloa, UPV/EHUko ebaluazio probetan eta lan akademikoetan jokabide makur eta iruzurrezkoak eragozteari eta etika akademikoari buruzkoa” izeneko dokumentuetan oinarritzen da (https://www.ehu.eus/eu/web/estudiosdegrado-gradukoikasketak/akademia-araudiak)

Ez Ohiko (amaierako azterketaren 2. deialdia) azterketara aurkeztu ahal izateko, ikasturtean zehar emandako irakaskuntza mota desberdinetan parte hartu izana ezinbestekoa izango da. Ez ohiko azterketaren erantzunen %50 zuzena izan behar da ikasgaia gainditzeko. Ohiko deialdian irakasgaia gainditzen ez denean, urtean zehar gainditu diren ataletako kalifikazioak gordeko dira ikasturte horretako ez-ohiko deialdirako. Urtean zeharreko jardueretan gainditugabeko atalak izanez gero hauek ez dira gordeko eta irakasleak azken azterketan ebaluatu ahal izango ditu atalok, ez ohiko azterketan %100eko balioa lor dezakelarik ikasleak.



Ez Ohiko deialdiari uko egitea: ez aurkeztuz gero ez du deialdirik galduko eta automatikoki ez aurkeztu gisara agertuko da aktetan; ikasleak ez dio irakasleari aurretik jakinarazi behar.



Irakasgai honen ebaluazioa "Graduko Titulazio Ofizialetako Ikasleen Ebaluaziorako Arautegia” eta “Protokoloa, UPV/EHUko ebaluazio probetan eta lan akademikoetan jokabide makur eta iruzurrezkoak eragozteari eta etika akademikoari buruzkoa” izeneko dokumentuetan oinarritzen da (https://www.ehu.eus/eu/web/estudiosdegrado-gradukoikasketak/akademia-araudiak)

Irakasgaiaren eGela
https://www.ehu.eus/eu/web/biblioteka/datu-baseen-aurkibide-alfabetikoa (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ eta https://www-webofscience-com.ehu.idm.oclc.org/wos/alldb/basic-search)

Oinarrizko bibliografia

- Wilson, K. and Walker, J. (eds.)(2018). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. 8th edn. Cambridge University Press.

- Lesk, A."Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and Genomics". Oxford University Press, 2017.

- Roca, P. y cols. (2003). Bioquímica. Técnicas y Métodos. Editorial Hélice

- Freifelder, D. (2003). Técnicas de Bioquímica y Biología Molecular. Editorial Reverté.

- García-Segura, J.M. y cols. (2002). Técnicas instrumentales de análisis en Bioquímica. Editorial Síntesis

Gehiago sakontzeko bibliografia

- Boyer, R. F. (2009). Biochemistry laboratory: modern theories and techniques. Pearson Education.
- Serdyuk, I.N., Zaccai, N. Zaccai, J. Methods in molecular biophysics Ed. Cambridge University Press, 2007.

Aldizkariak

Ekaia (http://www.ehu.eus/ojs/index.php/ekaia)
Elhuyar (http://aldizkaria.elhuyar.eus/)
Investigación y Ciencia (http://www.investigacionyciencia.es/)

Web helbideak

http://www.zientzia.net/
http://www.ehu.eus/ojs/index.php/ekaia
https://zientziakaiera.eus/kultura-zientifikoko-katedra/
http://zthiztegia.elhuyar.org/

http://workbench.concord.org/database/
http://www.springerprotocols.com/
http://www.sciencedirect.com/science/journals/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
https://apps.webofknowledge.com/