Ikasgai honetan biokimikan oso ohikoak diren kromatografia eta elektroforesiaren oinarri teorikoaz gain beraien erabilera ere aztertzen da. Teknika hauen erabilera preparatiboa eta analitikoa erakusteko proteinen purifikazioan eta karakterizazioan sakontzen da. Entzimen aktibitatearen karakterizaziorako egiten diren laborategi- saioak ere aztertzen dira, entzimen purifikazioren ingurua kontuan hartuta. Laborategiko praktiken bidez eta ordenagailu-simulazioen bidez ikuspegi praktikoa eta kuantitatiboa osatuko da.



Biokimika ezagutzeaz gain ikasleek Kimika, Matematika eta Fisika ere jakin behar dute. Irakasgaia hau oinarrizkoa da zientzilarien formakuntzarako, beraien lana betetzeko beharrezkoak diren teknika analitiko eta preparatiboak jorratzen direlako. Irakasgaiak dagoeneko ikasita dauden beste irakasgai batzuetan (Biokimika I, Biokimika II, Oinarrizko Metodologia Biokimikoa) ikasitako ezagutzak erabiltzen ditu oinarrian, aldi berean ikasitako beste batzuk osatzen ditu (Biologia Molekularra eta Ingeniaritza Genetikoa, DNA Birkonbinatuaren Teknologia) eta ondorengo beste irakasgai batzuen oinarriak finkatzen ditu (Biokatalisia, Prozesu eta Produktu Bioteknologikoak, besteak beste).

ESPEZIFIKOAK:



Ikasleak bereizi eta deskribatzen ditu kromatografia eta elektroforesiaren bidez proteinen bereizketaren oinarriak, eta haien aplikazio biokimikoak azaltzen ditu.



Ikasleak Biokimika eta Biologia Molekularreko laborategiko protokoloak behar bezala burutzen ditu, bereziki proteinak purifikatzeko, purutasun- eta errendimendu-irizpideak kontuan hartuta.



Ikasleak proteinen bereizketa, purifikazio eta karakterizazioari buruzko literatura zientifikotik ateratako informazioa erabili, interpretatu eta azaltzen du.



ZEHARKAKOAK:



Ikasleak ikerketa-prozesu baten emaitzak aplikatzen ditu lan akademikoetan, Garapen Iraunkorreko Helburuak kontuan hartuta.



Ikasleak ideiak ahoz eta idatziz sintetizatzen eta komunikatzen ditu, hizkuntza akademikoa erabiliz eta ikasgaian ikusitako terminoak integratuz.

1. Proteinen purifikazioa eta saio entzimatikoak

2. Kromatografia-teknikak.

3. Elektroforesi-teknikak



PROTEINEN PURIFIKAZIOA ETA SAIO ENTZIMATIKOAK

Proteinen purifikaziorako estrategia eta urratsak. Purifikazio kontrolak. Purifikazio irizpideak. Purifikazio taulak. Proteina birkonbinatuak purifikatzeko teknikak.Erauzkin gordinen eta entzima purifikatuen aktibitate neurketak. Entzima interferente eta laguntzaileak. Saio akoplatuak. Metodo jarraituak eta etenak. Erreakzioaren garapen-kurbak. Entzimen zinetikaren karakterizazioa.



KROMATOGRAFIA-TEKNIKAK

Sarrera. Definizioak. Historia. Kromatografiaren historia. Kromatografiaren teoria. Sailkapena. Banaketa eta adsorzio kromatografia. Kromatografia-gailurra. Kromatografia-oreka. Gauss kanpairen ezaugarriak. Kromatografiaren parametroak. Kromatografia sistemen osagaiak. Adsorzio kromatografia. Hidroxiapatitoko kromatografia. Elkarrekintza hidrofobikoko kromatografia. Ioi-trukeko kromatografia. Afinitate kromatografia. Gel iragazpeneko kromatografia. Banaketa kromatografia. Paperean eta geruza mehean eginiko kromatografiak. HPLC. UPLC, FPLC. Gas kromatografia. Fluido superkritikoko kromatografia.



ELEKTROFORESI-TEKNIKAK

Sarrera. Teoria. Sailkapena. Gel elektroforesia. Bi dimentsioko elektroforesia. Immunoelektroforesia. Gelean eginiko aktibitate-saioak. Elektroforesi kapilarra.

Saio teorikoak errazago jarraitzeko ikasleek klasean erabiliko diren irudiak, irakurtzeko material osagarriak eta gainontzeko irakats-materiala eskuragarri dituzte eGela ikasgela birtualean. Saio teorikoak osatzeko, ikasleek laborategi zein ordenagailu praktikak egingo dituzte. Mintegiko lana egiteko proteina-purifikazioarekin zerikusia duten zientzia-artikuluen bilketari buruzko informazioa jasoko dute ikasleek. Azkenik, ikasleek jendaurrean aurkeztuko dute aurretik landutako artikuluekin egindako lana.

• Ebaluazio Jarraituaren Sistema
• Azken Ebaluazioaren Sistema
• Kalifikazioko tresnak eta ehunekoak:
  • - Proba idatzia: % 60-65 - Lauhilekoan zehar egindako lanak (praktikak, mintegiak, etab): % 35-40 Ehunekoen batura hauxe izango da: (%): 100

EBALUAZIO SISTEMA

Azken proba batek eskola magistralei, praktikei eta mintegiei buruzko galderak izango ditu, eta azken notaren % 60-65ko balioa izango du. Gainerako jarduerei (mintegiak, laborategiko praktikak, ariketak ebaztea eta ordenagailu bidezko simulazioa) gainerako ehunekoa (% 35-40) esleituko zaie, % 100 osatu arte. Hala ere, jarduera horien emaitzak kontuan hartzeko, azken proba gainditu behar da (10 puntutik 5 edo gehiago).

DNA Birkonbinantuaren Teknologia / Biologia Molekularra eta Ingeniaritza Genetikoa irakasgaiekin jarduera bat egingo da, proteinen gainadierazpenean eta purifikazioan lortutako ezagutza integratzeko. Horretaz gain, Gizarte Konpromisoa eta Komunikazioa eta Eleaniztasuna zeharkako gaitasunak landuko dira.



Ikasleek eskubidea izango dute azken ebaluazio bidez ebaluatuak izateko, etengabeko ebaluazioan parte hartu zein ez hartu. Eskubide hori baliatzeko, ikasleak etengabeko ebaluazioari uko egiten diola jasotzen duen idatzi bat aurkeztu beharko dio irakasgairen ardua duen irakasleari eta, horretarako bederatzi asteko epea izango du lauhilekoa hasten denetik.



Etengabeko ebaluazioari uko eginez gero, ikaslea azken proba baten bidez ebaluatuko da, etengabeko ebaluazioaren azken probaren egun berean. Proba horretan etengabeko ebaluazioan egiten den azterketaz gain, etengabeko ebaluazioan ebaluatutako lanen pareko beste azterketa edota jarduera batzuk egingo dira.



Laborategiko praktikak egitea nahitaezkoa da. Ezingo da ikasgaia gainditu praktikak egiten ez badira, aukeratutako ebaluazio sistema edozein dela ere (etengabeko ala azken ebaluazioa).



Edozein ebaluazio sisteman, nahikoa izango da azterketara ez aurkeztea azken kalifikazioa <> izan dadin.





ETIKA AKADEMIKOA ETA JOKABIDE IRUZURREZKOAK

Irakasgaia honetan “UPV/EHUko ebaluazio probetan eta lan akademikoetan jokabide makur eta iruzurrezkoak eragozteari eta etika akademikoari buruzko protokoloa” jarraitzen da, 5. atalean deskribatzen diren ondorioak barne.

Etengabeko ebaluazioaren gainditutako atalak (praktikak eta mintegiak) ikasturte bereko ez-ohiko deialdirako gordeko dira.

Ikasgai honetan ez da testuliburu bakarra erabiliko. Moddle (eGela) erabiliko da hainbat material bertan jartzeko. Zenbait ordenagailu programa erabiliko dira.

Oinarrizko bibliografia

PRINCIPLES AND TECHNIQUES OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY. Keith Wilson and John Walker. 7th Ed. Cambridge Univ. Press, 2010



BIOCHEMICAL TECHNIQUES: THEORY AND PRACTICE, Robyt, J.F. and White, B.J. Waveland Press, Prospect Heights, 1990 BIOCHEMISTRY LABORATORY: MODERN THEORY AND TECHNIQUES. Rodney F. Boyer. Benjamin Cummings, 2006



FUNDAMENTAL LABORATORY APPROACHES FOR BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY, A. J. Ninfa and D. P.

Ballou, Wiley, 1998 PRINCIPLES AND TECHNIQUES OF PRACTICAL BIOCHEMISTRY, B.L. Williams and K. Wilson, Cambridge



Cambridge University Press, 2005 THE TOOLS OF BIOCHEMISTRY, Cooper, T. Wiley and Sons, New York, 1977



ENZYME ASSAYS. A PRACTICAL APPROACH. Eisenthal, R. and Danson, M.J. (eds) IRL Press, Oxford, 1992

Gehiago sakontzeko bibliografia

BIOTECHNOLOGY. A LABORATORY COURSE, Becker, J.M., Caldwell, G.A. & Zacho, E.A. Academic Press, San Diego, 1996

PROTEIN METHODS, Bollag, D.M. and Edelstein, S.J. Wiley-Liss, Inc., New York, 1991

GUIDE TO PROTEIN PURIFICATION, Deutscher, M.P. (Ed.) Methods Enzymology, vol 182, Academic Press, London, 1990

PROTEIN PURIFICATION METHODS. A PRACTICAL APPROACH, Harris, E.L.V.& Angal, S. (Eds) IRL Press, Oxford, 1989

PROTEIN PURIFICATION APPLICATIONS. A PRACTICAL APPROACH, Harris, E.L.V. IRL Press, Oxford, 1990

PROTEIN PURIFICATION PROTOCOLS, Doonan, S. (Ed.). Humana Press Inc., Totowa, NJ, 1996

ENZYME PURIFICATION AND RELATED TECHNIQUES, Jakoby, W.B. Academic Press, London, 1989

PROTEIN PURIFICATION: PRINCIPLES, HIGH RESOLUTION METHODS AND APPLICATIONS, Janson, J.C. and
Rydén, L. (Eds) Wiley VCH Publishers, Inc., New York, 1998


PROTEIN PURIFICATION: PRINCIPLES AND PRACTICE, Scopes, R. Springer-Verlag, New York, 1998

A PRACTICAL GUIDE TO MEMBRANE PROTEIN PURIFICATION, von Jagow, G. and Schägger, H. (Eds.) Academic Press, New York, 1994

Aldizkariak

Biochimica et Biophysica Acta, Journal of Biological Chemistry, Protein Expression and purification, Electrophoresis, Analytical Biochemistry, etab.

Web helbideak

Simulation software for protein purification (Ordenagailuko praktikak)
http://agbooth.com/pp_java/

Cytiva Chromatography Handbooks
https://www.cytivalifesciences.com/en/us/support/handbooks

Nomenclature for chromatography
http://publications.iupac.org/pac/1993/pdf/6504x0819.pdf

Chromatography simulator – Chromulator
https://people.ohio.edu/gu/CHROM/index_chrom.html

HPLC simulator
https://hplcsimulator.org/