El CPAN organiza anualmente unas jornadas donde las comunidades españolas de física de partículas, física de astropartículas, física nuclear y física teórica se encuentran y discuten sobre su situación y su prospectiva. Su formato consiste en conferencias invitadas y presentaciones de carácter científico sobre las diferentes líneas de actividad. Asimismo, las Jornadas acogen las reuniones de las diferentes redes y sesiones paralelas de discusión de las cuatro áreas del CPAN, con el objeto de potenciar la cooperación de los grupos españoles de investigación y articular de forma conjunta las líneas prioritarias de actuación.