SERVICIO GENERAL DE PROTEÓMICA

Equipamiento: Plataformas informáticas para el procesamiento y análisis de datos.

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Descripción: El Proteomics Core Facility cuenta con varias herramientas informáticas para el adecuado procesamiento y análisis de diferentes tipos de experimentos LC-MS/MS.

• Proteoma Discoverer 2.5 (Thermo Scientific).
• Spectronaut 15 (Biognosis).
• MaxQuant-Perseus (Nat. Protocols. 11: 2301-19; Nature Methods. 13: 731-40).
• Skyline (Mass. Specrtrom. Rev. 39: 229-44)
• DIA-NN (Métodos Nat. 17: 41-44).

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Aplicaciones:

• Las plataformas Proteome Discoverer y MaxQuant-Perseus se utilizan para el análisis de experimentos basados en adquisición dependiente de datos (DDA).
• Las plataformas Spectronaut y DIA-NN se utilizan para el análisis de experimentos de Adquisición Independiente de Datos (DIA). MaxQuant-Perseus y Skyline también se pueden utilizar para este tipo de análisis.
• Skyline se utiliza principalmente para datos adquiridos en enfoques específicos como el Monitoreo de reacciones paralelas (PRM).

Si estas plataformas no son adecuadas para su proyecto, no dude en contactarnos. Intentaremos encontrar las herramientas adecuadas para satisfacer sus necesidades.

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Responsable(s): Kerman Aloria

Ubicación: Centro de Biotecnología Marya Goyri

Barrio Sarriena s/n. 48940. Leioa. Bizkaia.