Materia
Genómica ambiental
Datos generales de la materia
- Modalidad
- Presencial
- Idioma
- Inglés
Descripción y contextualización de la asignatura
Genómica ambiental, hincapié en estudios transcriptómicos relativos a organismos no modelo relevantes en lo que concierne al medio ambiente. Aplicación tecnología genómica en gestión de recursos medioambientales o evaluación de salud del ecosistema.Competencias
| Denominación | Peso |
|---|---|
| Que el estudiante adquiera una destreza avanzada en la tecnología, las herramientas y la información requeridas para planificar, desarrollar e interpretar estudios genómicos y transcriptómicos de alto rendimiento. | 20.0 % |
| Que el estudiante sea capaz de detectar/interpretar molecular y mecánicamente los eventos de adaptación desencadenados por los organismos vivos para obtener homeostasis: - En enfermedades (stress, enfermedades infecciosas) - En reproducción - Bajo exposición a compuestos químicos tóxicos - Bajo diferentes ¿egimenes de alimentación (fórmulas alimentarias utilizadas en acuacultura, cambios estacionales en la disponibilidad de alimentos) - En un ambiente cambiante. | 25.0 % |
| Que el estudiante sea capaz de determinar los mecanismso de accion de diferentes compuetsos quimicos en rutas funcionales y estructura de differentes células | 20.0 % |
| Que el estudiante entienda la utilidad de usar perfiles transcripcionales en la evaluacion de la calidad del ambiente y su aplicacion en programas de bioseguimiento de la contaminación- = aprender cómo diseñar un proyecto de investigacion basado en el estudio de los perfiles de transcripcion genica para el diagnóstico de la exposición a y/o el efecto de compuestos químicos, tanto en el laboratorio como en condiciones ambientales reales de campo: selección de especies centinela, obtención de información se secuencias, tecnicas de secuenciación tradicionales y en masa, técnicas de análisisd e expresion genica, analisis de rutas génicas. | 25.0 % |
| Que el estudiante reconozca la utilidad diagnóstica de la aproximaciòn toxicogenómica para determinar la etiologia de diverssas patologias y toxicopatias en animales. | 10.0 % |
Tipos de docencia
| Tipo | Horas presenciales | Horas no presenciales | Horas totales |
|---|---|---|---|
| Magistral | 24 | 40 | 64 |
| Seminario | 0 | 12 | 12 |
| P. Laboratorio | 2 | 2 | 4 |
| P. Ordenador | 8 | 4 | 12 |
| Taller | 4 | 0 | 4 |
| Taller Ind. | 2 | 2 | 4 |
Actividades formativas
| Denominación | Horas | Porcentaje de presencialidad |
|---|---|---|
| Clases magistrales | 64.0 | 38 % |
| Ejercicios | 4.0 | 50 % |
| Prácticas de laboratorio | 4.0 | 50 % |
| Prácticas de ordenador | 12.0 | 66 % |
| Seminarios | 12.0 | 0 % |
| Trabajo en grupo | 4.0 | 100 % |
Sistemas de evaluación
| Denominación | Ponderación mínima | Ponderación máxima |
|---|---|---|
| Assistance is compulsory. Proactive participation in the activities, practical and oral sessions, will be considered.. | 0.0 % | 50.0 % |
| Ensayo, trabajo individual y/o en grupo | 20.0 % | 20.0 % |
| Preguntas a desarrollar | 0.0 % | 100.0 % |
| Presentación y defensa pública del P.F.C. | 80.0 % | 80.0 % |
| Trabajos Prácticos | 0.0 % | 100.0 % |
Convocatoria ordinaria: orientaciones y renuncia
Las condiciones de renuncia a la convocatoria ordinaria se rigen por la Normativa de permanencia del alumnado de los másteres universitarios aprobada por el acuerdo de consejo social de la UPV/EHU el 22 de Julio de 2015. En todo caso habrá que comunicar por escrito a la comisión académica del master la renuncia a la convocatoria, 48 horas antes de la primera prueba de evaluación de la asignatura.Convocatoria extraordinaria: orientaciones y renuncia
Condiciones de evaluación a discutir con el profesorado.Las condiciones de renuncia a la convocatoria extraordinaria se rigen por la Normativa de permanencia del alumnado de los másteres universitarios aprobada por el acuerdo de consejo social de la UPV/EHU el 22 de Julio de 2015. En todo caso habrá que comunicar por escrito a la comisión académica del master la renuncia a la convocatoria 15 días antes a la prueba de evaluación extraordinaria.
Temario
1. Genómica ambiental y fuentes genéticas en los mares, tierra, ríos, dentro de los metozoos (¡un mar de genes!).2. Metagenómica ambiental y descubrimiento de genes.
3. Servicios genómicos para la acuicultura, la investigación de pesquerías, el estudio de la dinámica de población de peces, la agricultura, el suministro de alimentos, la fisiología comparativa, etc.
4. Genómica y organismos modelo ambientales. Tema 5. Genómica marina y patentes.
6. Conceptos básicos de la toxicogenómica: ecotoxicogenómica, genómica funcional, transcriptómica, proteómica, metabolómica, análisis de la expresión de genes, ontología de genes.
7. Mecanismos moleculares en el ámbito de la toxicidad celular: efectos en los niveles de transcripción de genes. Familias de genes con capacidad predictiva en toxicología: inflamación, proliferación de peroxisomas, mutagénesis, carcinogénesis, teratogénesis, agonistas del AhR y otros receptores nucleares, metales pesados, metabolismo de detoxificación, citotoxicidad, apoptosis, inmunosupresión.
8. Cómo abordar la falta de información de secuencias genéticas básicas sobre las especies de interés. Clonación, marcadores de secuencia expresada (EST). Hibridación substractiva por supresión - PCR. Secuenciación de genes, secuenciación de genomas frente a secuenciación de transcriptomas. Técnicas de secuenciación paralela masiva. Anotación de genes/secuencias (ontología de genes).
9. Técnicas básicas para el estudio cualitativo y cuantitativo de la expresión de genes diferenciales (efectos de los compuestos químicos). Toma de huellas dactilares toxicológicas. RT-PCR, Q-RT-PCR. Northern-blot, dot-blot, hibridización in situ. PCR de representación diferencial. Hibridación substractiva de supresión - PCR. Micromatrices (microchips) y transcriptómica.
10. Toxicogenómica frente a proteómica frente a metabolómica. Biología de sistemas.
11. Tecnología desmontable y transgénica, y disección de genes de vías moleculares pertinentes.
Prácticas: Navegar por Internet en busca de bases de datos de genes/genomas/metagenomas. Repositorios de secuencias de genes, repositorios de secuencias de genomas (NCBI, ENSEMBL, GOLD). Repositorios de expresiones de genes (GEO, Arrayexpress). Análisis de vías basados en ontología de genes (GoFact, KEGG). Interpretación de datos sobre micromatrices y herramientas de análisis.
Bibliografía
Bibliografía básica
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Boutet I; Tanguy A; Moraga D (2004). Response of the Pacific oyster Crassostrea gigas to hydrocarbon contamination under experimental conditions. Gene 329: 147-157.
Cossins AR, Crawford DL (2005). Fish as models for environmental genomics. Nat. Rev. Genet. 6, 324-333.
Cossins A, Fraser J, Hughes M, Gracey A (2006). Post-genomic approaches to understanding the mechanisms of environmentally induced phenotypic plasticity. J. Exp. Biol. 209, 2328-2336.
Denslow ND, Garcia-Reyero N, Barber DS (2007). Fish 'n' chips: the use of microarrays for aquatic toxicology. Mol. Biosyst. 3, 172-177.
Diatchencko et al. (1996). Suppression subtractive hybridization: a method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 6025-6030.
Neumann NF, Galvez F (2002) DNA microarrays and toxicogenomics: applications for ecotoxicology? Biotech. Advan. 20: 391-419.
Nielsen EE, Hemmer-Hansen J, Larsen PF, Bekkevold D. (2009). Population genomics of marine fishes: identifying adaptive variation in space and time. Mol Ecol. 18: 3128-3150.
Pennie WD, Woodyatt NJ; Aldridge TC; Orphanides G (2001) Application of genomics to the definition of the molecular basis for toxicity. Toxicol. Lett. 120: 353-358.
Roest Crollius H, Weissenbach J. (2005). Fish genomics and biology. Genome Res. 15: 1675-1682.
Rusch DB, Halpern AL, Sutton G et al. (2007). The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: northwest Atlantic through eastern tropical Pacific. PLoS Biol. 5(3):e77.
Snape JS, Maund SJ; Pickford DB, Hutchinson TH (2004) Ecotoxicogenomics: the challenge of integrating genomics into aquatic and terrestrial ecotoxicology. Aquat. Toxicol. 67:143-154.
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Yooseph S, Sutton G, Rusch DB, (2007). The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: expanding the universe of protein families. PLoS Biol. 5(3):e16.
Enlaces
.- Gene/genome sequence repositorieshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.ensembl.org/index.html
http://cmr.jcvi.org/tigr-scripts/CMR/CmrHomePage.cgi
.- Genome projects
http://www.genomesonline.org/
.- Clustal
http://www.ebi.a