La asignatura Metodología Bioquímica Básica es una asignatura práctica casi en su totalidad. Por medio de esta asignatura se adquirirán los conocimientos necesarios para la integración laboral del estudiante en centros de investigación, industria de la biotecnología o entidades de enseñanzas superiores. La utilización de bibliografía científica, el diseño de experimentos, la seguridad en el laboratorio y la ética se trabajarán durante el primer cuatrimestre; dichos conocimientos os serán esenciales a la hora de presentar trabajos científicos durante el Grado. En el 2º cuatrimestre las diferentes actividades docentes están enfocadas a adquirir el conocimiento y destreza suficiente para el conjunto de las prácticas de laboratorio durante la duración del Grado. Las diferentes actividades docentes del 2º cuatrimestre de MBB están relacionadas directamente con la asignatura de 2º curso Técnicas Instrumentales en la cual se profundizará en los conocimientos adquiridos en MBB sobre cromatografía, electroforesis y purificación de proteínas. Cabe mencionar la complementariedad de las prácticas de laboratorio de la asignatura de 1er curso Bioquímica I y MBB.

El objetivo general de esta asignatura es recibir formación que les permita trabajar en un futuro en centros de investigación, industrias biotecnológicas o instituciones docentes. Para ello, se trabajarán las competencias específicas (M) y transversales (G) y sus resultados de aprendizaje (RA) que se detallan a continuación:



Específicos



M04.1 - Conocer los principios, la instrumentación y las aplicaciones de las principales técnicas de Bioquímica y Biología Molecular y su utilidad en Biotecnología.

RA1- El estudiante será capaz de explicar los conocimientos en la separación y análisis de biomoléculas.

RA2- El estudiante será capaz de diseñar e interpretar protocolos experimentales para resolver problemas bioquímicos concretos.

M04.2 - Ejecutar adecuadamente protocolos de laboratorio en Biotecnología y en Bioquímica y Biología Molecular.

RA3- El estudiante será capaz de utilizar con destreza la instrumentación básica y los métodos experimentales más utilizados en bioquímica.

RA4- El estudiante será capaz de explicar y llevar a cabo las buenas prácticas en un laboratorio.

RA5- El estudiante será capaz de resolver ejercicios teórico-prácticos para obtener datos cuantitativos precisos.

M04.7 - Extraer y analizar correctamente información de fuentes bibliográficas y bases de datos biológicos y otras herramientas bioinformáticas

RA6- El estudiante será capaz de manejar la literatura científico-técnica de su área y aplicarla a los conocimientos adquiridos.





Transversales



G001 - Obtener adecuada capacidad para el análisis, síntesis y razonamiento de forma crítica en la aplicación del método científico.

RA7- El estudiante será capaz de describir, cuantificar, analizar y evaluar críticamente los resultados experimentales obtenidos y a partir de los mismos obtener las conclusiones

G002 - Desarrollar el aprendizaje autónomo continuado fomentando la iniciativa y la adaptación a nuevas situaciones.

RA8- El estudiante será capaz de gestionar las decisiones que toma, los conocimientos que pone en juego, las dificultades que tiene para aprender y el modo de superarlas.



G003 - Adquirir capacidad para transmitir ideas y comunicarlas a una audiencia profesional y no profesional, propiciando la utilización de idiomas extranjeros, especialmente el inglés.

RA9 - El estudiante será capaz de utilizar estructuras y normas en la comunicación escrita especializada para la elaboración de documentos académicos y/o científicos.

RA10 - El estudiante será capaz de comunicar oralmente sus ideas y argumentos de modo comprensible y de acuerdo a los criterios formales establecidos.

El contenido teórico y práctico de la asignatura Metodología Bioquímica Básica puede dividirse en 3 bloques generales:



BLOQUE 1. Introducción a la experimentación y a las tecnologías de la información y la comunicación.



Tema 1: Artículos y revistas científicas. Búsquedas bibliográficas. Repositorios de datos de artículos científicos. PubMed. Science Citation Index.



Tema 2: El método científico en la investigación bioquímica y las consideraciones éticas. El método científico en la investigación en bioquímica. Plantear una hipótesis. Diseño de experimentos. Tratamiento y valoración de los resultados. Elaboración de conclusiones. Consideraciones éticas.



Prácticas de aula: ¿Cuántos tipos de artículos científicos podemos encontrar? Lectura de artículos de opinión y debate sobre el sistema editorial y las revistas predadoras. Revisión de cálculos básicos de laboratorio (concentraciones, diluciones...). Análisis de los resultados de un experimento de Bradford (uso de Excel: inserción de un gráfico, regresión lineal...). Pautas y recomendaciones sobre la comunicación escrita de un trabajo científico (prejuicio de redacción de informes de prácticas)...



Prácticas de ordenador: búsqueda bibliográfica y bibliometría.



BLOQUE 2. Experimentación en bioquímica. Sistemas celulares y fragmentación subcelular.



Tema 3: Buenas prácticas en un laboratorio de bioquímica: Identificación de peligros (físicos, químicos, biológicos y radiológicos). Medidas de seguridad generales y personales. Normativas de seguridad. Comportamiento en situaciones de emergencia.



Tema 4: Niveles de experimentación en bioquímica: estudios con animales intactos, con órganos, tejidos o células aisladas. Estudios moleculares (estructurales o funcionales). Sistemas celulares. Técnicas para la separación de diferentes tipos celulares. Cultivos celulares. Cuantificación y viabilidad celular. El hemocitómetro.



Tema 5: Fraccionamiento subcelular: Métodos para la homogeneización y obtención del extracto crudo. Centrifugación preparativa (diferencial y en gradiente de densidad). Enzimas marcadores para identificar los diversos orgánulos celulares. Viabilidad de los orgánulos. Centrifugación analítica.



Prácticas de aula: Resolución de ejercicios y problemas relativos al tema de centrifugación. Diseños de flujos de trabajo para la realización de sesiones experimentales.



Prácticas de laboratorio:

- Fragmentación celular y cuantificación de proteínas.

- Aislamiento de cloroplastos por centrifugación en gradiente de sacarosa.

- Purificación de mitocondrias. Determinación de la viabilidad mitocondrial.





BLOQUE 3. Técnicas básicas utilizadas en el laboratorio de bioquímica.



Tema 6: Técnicas de preparación y separación. Cromatografía. Técnicas de electroforesis. Geles de agarosa, Geles nativos, SDS-PAGE. Enfoque isoeléctrico. Electroforesis bidimensional. Electroforesis capilar.

Cromatografía. Tipos de cromatografía.Técnicas electroforéticas: electroforesis en geles de agarosa, geles en gradiente, SDS-PAGE, isoelectroenfoque, electroforesis bidimensional, electroforesis capilar.



Tema 7: Técnicas analíticas. Técnicas de espectrofotometría. Equipos: espectroscopía visible y ultravioleta. Diseño de ensayos enzimáticos. Desnaturalización y renaturalización del ADN. Reacción encadenada de polimerasa (PCR). RT-PCR. Chips de ADN.



Tema 8: Técnicas generales de marcaje de macromoléculas y sus aplicaciones. Técnicas radioquímicas. Técnicas de inmunoquímica.Inmunopreciìtación. Inmunoensayos (ELISA, RIA). Técnicas de identificación. Western blot, dot blot.





Prácticas de aula: Problemas prácticos sencillos sobre cromatografía. Simulador de experimentos de electroforesis: SDS-PAGE. Problemas de cálculo de reacciones enzimáticas. Problemas prácticos sencillos sobre PCR y qPCR. Problemas prácticos sencillos sobre inmunotécnicas. Ejercicios y problemas de cálculo radiactividad. Ejercicios experimentales teórico-prácticos complejos. Cómo realizar una buena comunicación oral con recursos TIC.



Prácticas de laboratorio:

- Cromatografía de gel filtración. Determinación de la masa molecular de una proteína.

- Purificación de la lisozima de clara de huevo por cromatografía de intercambio iónico

- Electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida-SDS.

- Electroforesis de ácidos nucleicos en gel de agarosa. Caracterización de ADN plasmídico.



Seminarios:

- Seminarios divulgativos. Comunicación (escrita y oral) de un tema científico actual relacionado con los ODS.

La metodología docente incluye clases magistrales, prácticas de aula, seminarios, práctica de ordenador y prácticas de laboratorio:



- En las clases magistrales, el docente expondrá los contenidos de la asignatura, utilizando una presentación en formato digital y enlaces a contenidos audiovisuales (disponibles en Egela). Asimismo, se animará al alumnado a formular preguntas y el profesor o la profesora formulará preguntas para que el alumnado reflexione y se comunique. De esta forma, el profesor podrá realizar la retroalimentación necesaria para cada clase magistral.



- En las prácticas de aula, el alumnado resolverá los problemas y preguntas programadas. Estas prácticas suelen utilizarse como material adicional a las clases magistral-teóricas o a las prácticas de laboratorio.



- En las prácticas de ordenador, el alumnado aplicará los conocimientos relacionados con las búsquedas bibliográficas y análisis bibliométricos (indicadores de calidad). Además, recibirán un seminario sobre bases de datos y, con la información de las clases magistrales, completarán ejercicios prácticos.



- Las prácticas de laboratorio son la metodología y la forma de adquirir las habilidades adecuadas para trabajar en un laboratorio. Es decir, el alumnado adquirirá habilidades manuales para observar y obtener los resultados obtenidos, analizar y reflexionar sobre los mismos y realizará una comunicación a través de informes de práctica. Además, las prácticas de laboratorio están íntimamente relacionadas con el contenido teórico de la asignatura, por lo que los alumnos pueden aplicar los conocimientos adquiridos en las clases magistrales a un problema real de situación del trabajo experimental.



- En las sesiones de seminarios, los alumnos desarrollarán un tema relacionado con la Biotecnología o la Bioquímica y los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS) que están en la EHUagenda, y lo comunicarán por escrito y de forma oral en la modalidad de divulgación científica.

• Sistema de Evaluación Continua
• Sistema de Evaluación Final
• Herramientas y porcentajes de calificación:
  • Exposición de trabajos, lecturas… (%): 10
  • En este apartado se recoge la suma de los porcentajes correspondietnes a teoria (45%),prácticas de laboratorio (30%), prácticas de ordenador (5%) y ejercicios-problemas (%10) (%): 90

Examen de teoría 45%: respuestas correctas, expresión, argumentación y utilización de la terminología científica. Necesario un mínimo de respuestas correctas del 50%.

Prácticas Laboratorio 30%: asistencia, actitud y limpieza, corrección y claridad del informe; examen, siendo necesario superar el 50% de las cuestiones del mismo.

Prácticas Ordenador 5%: asistencia, actitud y entrega de ejercicios.

Seminario 10%: asistencia, actitud, organización de la información, capacidad de análisis y síntesis, claridad de la exposición y participación en el debate.

Problemas 10%: asistencia, correcta resolución de los problemas planteados durante las prácticas de aula; examen, siendo necesario un mínimo de respuestas correctas del 50%.



Para poder presentarse a los exámenes ordinarios (examen del 1º cuatrimestre y examen final) será necesario haber participado en los diferentes tipos de enseñanzas impartidas a lo largo del curso. En los exámenes ordinarios el 50% de las respuestas deben ser correctas para aprobar la asignatura.



Para el alumnado, sujeto tanto a evaluación continua como final, bastará con no presentarse a la prueba final para que la calificación final de la asignatura sea no presentado o no presentada



Las directrices de evaluación en esta asignatura se basan en los documentos: "Normativa reguladora de la Evaluación del alumnado en las titulaciones oficiales de Grado" y "Protocolo sobre ética académica y prevención de las prácticas deshonestas o fraudulentas en las pruebas de evaluación y en los trabajos académicos en la UPV/EHU" https://www.ehu.eus/es/web/estudiosdegrado-gradukoikasketak/akademia-araudiak

Será obligatoria la participación en las diferentes modalidades docentes a lo largo del curso para poder presentarse a los exámenes de la convocatoria extraordinaria. La evaluación de las asignaturas en las convocatorias extraordinarias se realizará exclusivamente a través del sistema de evaluación final. Será necesario un mínimo de respuestas correctas del 50% para aprobar dicho exámen. En caso de no aprobar la asignatura en la convocatoria ordinaria se conservarán las calificaciones positivas de las modalidades docentes correspondientes a prácticas, seminarios y ordenador para la convocatoria extraordinaria. En el caso de haber obtenido resultados negativos mediante la evaluación continua llevada a cabo durante el curso, dichos resultados no podrán mantenerse para la convocatoria extraordinaria, en la que el alumno podrá obtener el 100% de la calificación.



Renuncia a la covocatoria extraordinaria: la no presentación a la prueba fijada en la fecha oficial de exámenes supondrá la renuncia automática a la convocatoria correspondiente.



Las directrices de evaluación en esta asignatura se basan en los documentos: "Normativa reguladora de la Evaluación del alumnado en las titulaciones oficiales de Grado" y "Protocolo sobre ética académica y prevención de las prácticas deshonestas o fraudulentas en las pruebas de evaluación y en los trabajos académicos en la UPV/EHU" https://www.ehu.eus/es/web/estudiosdegrado-gradukoikasketak/akademia-araudiak

eGela de la asignatura
https://www.ehu.eus/eu/web/biblioteka/datu-baseen-aurkibide-alfabetikoa (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ eta https://www-webofscience-com.ehu.idm.oclc.org/wos/alldb/basic-search)

Bibliografía básica

- Wilson, K. and Walker, J. (eds.)(2018). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. 8th edn. Cambridge University Press.

- Lesk, A."Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and Genomics". Oxford University Press, 2017.

- Roca, P. y cols. (2003). Bioquímica. Técnicas y Métodos. Editorial Hélice

- Freifelder, D. (2003). Técnicas de Bioquímica y Biología Molecular. Editorial Reverté.

- García-Segura, J.M. y cols. (2002). Técnicas instrumentales de análisis en Bioquímica. Editorial Síntesis

Bibliografía de profundización

- Boyer, R. F. (2009). Biochemistry laboratory: modern theories and techniques. Pearson Education.
- Serdyuk, I.N., Zaccai, N. Zaccai, J. Methods in molecular biophysics Ed. Cambridge University Press, 2007.

Revistas

Ekaia (http://www.ehu.eus/ojs/index.php/ekaia)
Elhuyar (http://aldizkaria.elhuyar.eus/)
Investigación y Ciencia (http://www.investigacionyciencia.es/)

Direcciones web

http://www.zientzia.net/
http://www.ehu.eus/ojs/index.php/ekaia
https://zientziakaiera.eus/kultura-zientifikoko-katedra/
http://zthiztegia.elhuyar.org/

http://workbench.concord.org/database/
http://www.springerprotocols.com/Abstract/doi/10.1007/978-1-59745-376-9_6
http://www.sciencedirect.com/science/journals/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
https://apps.webofknowledge.com/