Esta reorganización tuvo su origen en un proceso que se inició en mayo de 2014, cuando el rector de la UPV/EHU, Iñaki Goirizelaia, tras las reuniones mantenidas con las máximas autoridades de cada uno de los centros, anunció el inicio del proceso en el Consejo de Gobierno de la universidad.

Aquella propuesta inicial fue objeto de debate y análisis dentro de la comunidad universitaria, teniendo los siguientes objetivos: mejorar su competitividad y visibilidad tanto a nivel interno como internacional, facilitar la incorporación a la actividad investigadora de todo el profesorado, relanzar la proyección externa de los centros, mejorar la actividad académica mediante una política adecuada de incentivos, y favorecer el establecimiento de lazos con otras universidades y con el tejido socioeconómico del entorno.

Este proceso de desarrollo tuvo en cuenta en todo momento el modelo multicampus, la normativa vigente y el criterio de que la agrupación tuviera en cuenta distintas ramas de conocimiento: Ciencias Experimentales; Ciencias de la Salud; Ingeniería y Arquitectura; Artes y Humanidades; Ciencias Económicas, Jurídicas y Sociales; y Educación.

Además de la Escuela de Máster y Doctorado, la Universidad del País Vasco estaba compuesta por 31 facultades y escuelas: 13 en Bizkaia, 11 en Gipuzkoa y 7 en Álava. Una vez culminado el proceso, la UPV/EHU cuenta ahora con 20 centros, manteniendo su estructura multicampus. Con fecha de 5 de febrero de 2015, el Consejo de Gobierno dio luz verde a los nombres de los nuevos centros, creados en función de este proceso.

Escuela de Ingeniería de Bilbao. Surge de la fusión de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao; la Escuela Técnica Superior de Náutica y Máquinas Navales; la Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Industrial de Bilbao y la Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica de Minas y de Obras Públicas.

Escuela de Ingeniería de Gipuzkoa. Surge de la fusión de la Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Industrial de Eibar y la Escuela Universitaria Politécnica de Donostia.

Facultad de Educación y Deporte. Surge de la fusión de la Facultad de Ciencias de la Actividad Física y del Deporte, y la Escuela Universitaria de Magisterio de Vitoria-Gasteiz.

Facultad de Educación, Filosofía y Antropología. Surge de la fusión de la Facultad de Filosofía y Ciencias de la Educación, y la Escuela Universitaria de Magisterio de Donostia.

Facultad de Relaciones Laborales y Trabajo Social. Surge de la fusión de la Escuela Universitaria de Relaciones Laborales y la Escuela Universitaria de Trabajo Social.

Facultad de Economía y Empresa. Surge de la fusión de la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, la Escuela Universitaria de Estudios Empresariales de Bilbao, la Escuela Universitaria de Estudios Empresariales de Donostia y la Escuela Universitaria de Estudios Empresariales de Gasteiz.

Facultad de Medicina y Enfermería. Surge de la fusión de la Facultad de Medicina y Odontología, la Escuela Universitaria de Enfermería de Leioa y la Escuela Universitaria de Enfermería de Donostia.

A estos nuevos centros hay que añadir los ya existentes, es decir: Ciencia y Tecnología, Bellas Artes, Magisterio, Ciencias Sociales y de la Comunicación, en Bizkaia; Química, Psicología, Arquitectura, Informática y Derecho, en Gipuzkoa; y Letras, Farmacia e Ingeniería, en Álava; los cuales, junto a la Escuela de Máster y Doctorado, completa la veintena de centros.

Según señala el rector, Iñaki Goirizelaia, "esta es una de las más profundas transformaciones que ha experimentado la UPV/EHU en su historia, y sin duda la más ambiciosa. Hace casi dos años comenzó este proceso y hemos logrado llevarlo adelante buscando siempre el consenso y la participación de todos los sectores universitarios, especialmente de los centros. Como ya señalamos en el inicio del proceso, la UPV/EHU ha formado ya más de 300.000 profesionales y se ha convertido en el agente científico con mayor actividad investigadora del País Vasco, pero, decíamos entonces y decimos también ahora, no podemos ser autocomplacientes. La reorganización de la estructura de centros responde a nuestro deseo de seguir respondiendo a las necesidades de la sociedad vasca y de competir en un espacio de educación superior que ya es global. Estamos ahora en una mejor disposición para hacerlo, integrando, además, las tradiciones y la historia de cada uno de los centros, y sin renunciar a la identidad de los mismos y de la propia universidad".