Finalizó los estudios de Clásicas en 1951, es nombrado miembro de Euskaltzaindia y director técnico del Seminario de Filología Vasca ‘Julio de Urquijo' (1954). En 1959, malviviendo, obtiene con brillantez el doctorado con su tesis Fonética Histórica Vasca. Ya en 1968 obtiene la Cátedra de Lingüística Indoeuropea. Aquel mismo año, Euskaltzaindia le encomienda la tarea de unificar el euskera. Los dialectos guipuzcoano, navarro y labortano serán las bases del euskera batua, una decisión que trajo polémica.

La huella de Mitxelena

La trayectoria como profesor universitario de Koldo Mitxelena le llevó a dar clases en las universidades de Sorbona y Salamanca. En 1977 decidió impartir docencia en el País Vasco y desde la Cátedra de Filología (Lingüística Indoeuropea y Vasca) participó en la creación de la nueva Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea, que adquiere carta de naturaleza en 1980 sobre el precedente de la antigua Universidad de Bilbao e inspirándose en la Universidad Vasca de 1936. La relación entre la UPV/EHU y Koldo Mitxelena fue intensa  y también se convirtió en el primer profesor emérito de la Universidad del País Vasco.

Mitxelena obtuvo numerosos reconocimientos, entre otros, el Premio Menéndez Pidal y la Gran Cruz de Alfonso X el Sabio (1984); el Premio Ossian de la Fundación Stiftung FVS de Hamburgo (1983); y el doctorado Honoris Causa por las universidades de Burdeos (1982) y Autónoma de Barcelona (1984). En 1983 sus compañeros de prisión le hicieron doctor Honoris Causa de la Universidad "Prisión de Burgos".

Falleció en San Sebastián en 1987, pero los homenajes y reconocimientos se han seguido produciendo. Merece destacarse la publicación de sus Obras Completas, en una edición realizada por los profesores de la UPV/EHU Joseba Lakarra e Iñigo Ruiz de Arzalluz.  Son 15 tomos y más de 7.000 páginas que recogen la obra de Mitxelena en idioma original: euskera, castellano, francés, inglés o alemán. Son los libros, artículos y estudios que el autor publicó en vida firmados con su nombre propio (Luis Michelena en castellano y Koldo Mitxelena en euskera), con sus iniciales o pseudónimo. Esta publicación es testimonio de la gran huella que Mitxelena dejó en la cultura vasca y en la Universidad del País Vasco.

Gran erudito y vascófilo

Al recordar a Mitxelena, el vicerrector de Euskera de la UPV/EHU, Jon Zárate, manifiesta lo siguiente: «José Luis Álvarez "Txillardegi", quien también fuera profesor de la Universidad del País Vasco y nos dejara hace tres años, dijo claramente: "Mitxelena ha sido el mayor erudito que haya dado el euskera y ante ello, me quito el sombrero. No cabe la menor duda. Es una de esas personas que surgen una vez en un siglo". Como Vicerrector de Euskera, quisiera recordar al gran lingüista y escritor Koldo Mitxelena en el centenario de su nacimiento. Quisiera destacar, asimismo, la participación de Koldo Mitxelena en la creación de la Universidad del País Vasco y en la normalización cultural, así como la inmensa labor realizada desde 1978 en la preparación de las primeras promociones de Filología Vasca de la UPV/EHU. Koldo Mitxelena supo aunar como pocos la sabiduría y el amor por el euskera. Fue gracias a vascófilos como él como el euskera entró en las facultades de la universidad y fueron sus investigaciones las que nos abrieron el camino a la comprensión de la milagrosa pervivencia del euskera. Y es que, en palabras de Mitxelena, "el verdadero misterio del euskera es su pervivencia, no su procedencia"».

Por otro lado, Jon Zarate propone seguir el rastro del filólogo. "Si se cumple la teoría de Txillardegi, pronto podríamos contar entre nosotros con un nuevo Mitxelena. No obstante, les pediría a todos ustedes, miembros de la comunidad universitaria, que no nos quedemos a la espera y que sigamos el modelo de Mitxelena. Que todos y cada uno de nosotros seamos conscientes de que somos los sucesores de un sueño y de que en nuestras manos está el cuidar del euskera que con tanto esfuerzo entró en la UPV/EHU."