Obtuvo la licenciatura en Medicina y Cirugía en la Universidad de Salamanca. Ejerció la docencia y la investigación en las universidades de Oviedo, Murcia y la UPV/EHU. Además de profesor ha tenido importantes funciones en nuestra universidad: secretario de la Facultad de Medicina (1974-1975); vicerrector de Organización Académica (1980-1984) y rector (1991-1996). Asimismo, desde julio de 1984 hasta mayo de 1987, fue viceconsejero de Sanidad y Consumo del Departamento de Sanidad y Seguridad Social del Gobierno Vasco. En 1996 fue elegido presidente de Eusko Ikaskuntza. Además, fue miembro de la Academia de Ciencias y Artes Europea, y de la Real Academia de Medicina. Juan José Goiriena fue académico de número de Jakiunde desde la creación de la Academia en 2007.

Desde 1997 fue director del Instituto Médico de Basurto, especializado en Medicina del Deporte. El profesor ha dirigido 20 tesis doctorales, de las cuales 5 recibieron el Premio Extraordinario. Fue autor de más de 80 comunicaciones y trabajos de investigación entre los que destacan los publicados en British Journal of Pharmacology: Enzime; Med. Sci. Sports Exerc; J Appl. Physiol. etc., participando además en numerosos libros. Entre sus últimos trabajos de investigación destacaron los relacionados con la fisiología del ciclismo, publicaciones en las revistas del área del deporte (Sport Ciencias) de máximo impacto. Entre las distinciones que recibió destacan el Premio Extraordinario por su Tesis Doctoral (1973) y la Medalla de Oro de la UPV/EHU (1996).

“El fallecimiento de Juan José Goiriena es una gran pérdida para la Universidad del País Vasco –ha declarado Nekane Balluerka, rectora de la UPV/EHU- El profesor Goiriena no solo fue un académico excepcional en el plano docente y en el plano investigador, sino que encarnó una visión ejemplar de compromiso con nuestro país (a través de su labor en el Gobierno vasco o en Eusko Ikaskuntza) y con la Universidad del País Vasco, a la que se entregó apasionadamente. Su rectorado se caracterizó por traer a nuestra institución una estabilidad institucional y financiera absolutamente necesaria de cara a su desarrollo posterior. Ofreció un suelo sólido sobre el que seguir trabajando y esa contribución nunca será olvidada”.