|
|
Mahai gaineko PC bat, smartphone eta superordenagailu baten artean antzekotasun batzuk badaude, guztiak programatu daitezken gailuak dira, sistema eragile batek kontrolatzen dituelarik, orokorrean hiruak kontsidera dezakegu ordenagailu bat bezala ulertzen duguna. Hala ere, bakoitzak arkitektura berezi bat dauka, eta ordenagailuak badira ere, helburu zehatz bat du arkitektura desberdin bakoitzak. PC batean, malgutasuna litzateke, hau da, hainbat erabilera desberdinetarako prest egotea. Superkonputagailu batean kalkulu potentzia da helburu, eta azkenik sakelekoaren kasuan, eraginkortasun energetikoa da helburua, normalean ez baitaude energia iturri bati lotuta.
Dispositiboen arteko diferentziak adibidez prozesadoreetan ikusten dira. GHz bateko ARM Cortex-A8 prozesadorea, Nokia N9000 smartphonean topatu dezakeguna alegia, core bakarra dauka eta Watio bat kontsumitzen du. Bestalde, Intel Xeon E5-2620v2 2.1 GHz-etako 6 kore dituen prozesadorea 80 W kontsumitzen ditu eta adibidez TSBAME-KFC superkonputagailuan topatzen dugu. Munduko superkonputagailu ahaltsuenen TOP500.org zerrendan 331 postuan dago, baina GREEN500 ordenagailu energetikoki eraginkorren zerrendan lehenengoan.
Supekonputazioaren hurrengo erronka, Exaeskalara iristea da, hau da, trilloi bat kalkulu segundoko egin ditzaken superkonputagailua eraikitzea. Halako konputagailu bat eraikitzeko ordea, kontsumo elektrikoa izugarri gutxitu behar da proiektua bideragarria izateko. Har dezagun Tianhe-2, TOP500-eko ordenagailu ahaltsuenak, adibide modura. Superkonputagailu honek 33 mila bilioi eragiketa egiten ditu segundoko, 17 aldiz ahaltsuagoa izan beharko luke ordea aipatutako helburura irixteko. Tianhe-2, superkonputagailuaren kontsumo elektrikoa 17.8 MWetakoa da, edo 3.060 €-tako gastua orduko, (gaur egungo tarifaren araberam 0,18€/kWh inguru). Bitxia da ere, Tianhe-2-ren kokalekua, Yichang presatik 400 Km-tara, Hiru Arroiletako presa, munduko handienetakoa eta 22.500 MW sortzen dituena.
Goiko datuen arabera eta estrapolazio lineal bat eginda, exaeskala ordenagailu bat bideragaitza dela ondorioztatuko dugu:
- Tianhe2-k 280 milloi € balio izan zituen.
- 27 milloi € gastatzen ditu elektrizitatean urtero-
- 17 antzeko ordenagailu behar dira exaeskalara iristeko
Beraz, 5.000 milloi € kostatuko litztaeke exaeskala ordenagailu bat eta urtero 500 milioi gastatuko lituzke elektrizitatean, erabat bideraezina noski!
Zenbaki hauek ikusita, ARM prozesagailuak HPC-erako erabiltzeko ideia sortu da, eta badirudi korapilo horretatik askatzeko irtenbide bat izan daitekela, prozesagailu hauek, gaur egun HPC-an erabiltzen direnen %1-a inguru kontsumitzen baitute. Prozesagailuarekin batera, konputagailuen beste osagaiek ere energi kontsumoa gutxitu beharko dute noski. Prozesagailu arkitektura aldaketa ez da horren erraza ordea, prozesagailu horietan exaeskala maila iristeko programazio lengoaia egokirik ez dagoelako. Are gehiago, programazio lengoaia eraginkor bat beharrezkoa da etorkizuneko prozesagailuen erabilera optimizatzeko.
Bartzelonako BSC-CNS Montblanc proiektuaren buru da eta proiektu honek ARM-rako optimizatutako komunikazio liburutegi batzuk atera bezain pronto, hasiko garela ikusten ARM motako prozesagailuak HPC munduan barra barra zabaltzen.
Erasmo Seebold.
IEFPS Elorrieta-Erreka Mari institutoko ikaslea IZO-SGI-n praktiketan.
 El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) IZO-SGI de la UPV/EHU a puesto en producción la ampliación de su cluster de cálculo Arina. Con este cluster se ofrecen servicios de computación de altas prestaciones tanto a la propia universidad como a empresas u otros organismos públicos que demanden su uso. El objetivo de esta ampliación es seguir ofreciendo recursos de primera línea a los investigadores para que puedan mantener y mejorar su producción científica-técnica y competitividad internacional.
La ampliación trata de cubrir las necesidades que se han detectado y cubre varios aspectos concretos de la computación. A destacar son:
- Un sistemas específico de mucha memoria RAM (512 GB) orientado a la secuenciación genómica, pero que tiene también aplicación en otras áreas.
- Un nodo con dos tarjetas gráficas de cómputo Nvidia Kepler K20 para todo tipo de aplicaciones dado que el cómputo con GPUs es cada vez más común.
- Un sistema de ficheros (almacenamiento) de gran capacidad con 40 TB y alto rendimiento en lectura y escritura con velocidades de ~6 GB/s. Es decir, tiene la capacidad equivalente a 60.000 CDs y es capaz de escribir o leer en un solo segundo lo equivalente a lo almacenado en 9 CDs. Este sistema de ficheros no es para almacenamiento estático sino para la realización de los cálculos beneficiándose del mismo las aplicaciones genéticas, física y química cuánticas, big data, etc
- Todos los elementos conectados a través de una red de cálculo de baja latencia (digamos de rápida respuesta) y de alto ancho de banda con 56 Gb/s, es decir, el equivalente al ancho de banda de 560 conexiones domésticas a 100 Mb/s. A través de esta red también está conectado el almacenamiento de alto rendimiento.
- Finalmente, por supuesto, potencia de cálculo basada en nodos biprocesadores Intel Xeon Ivy-bridge de última generación, con bastante memoria RAM, 128 GB, y disco duro de estado sólido que son mucho más rápidos que los convencionales.
A la nueva ampliación se ha integrado con el resto del cluster Arina y la hemos llamado Katramila, enredo en euskera, por la peculiar puerta plateada del rack que podéis observar en la foto de cabecera y porque la integración ha sido complicada.
Más concretamente los detalles de los elementos adquiridos son:
- 32 nodos BullX con 662 cores orientados a procesamiento con las siguientes características:
- 30 nodos formato blade de 20 cores en 2 procesadores Xeon 2680v2 a 2.8 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y disco duro de estado sólido de 128 GB.
- 1 nodo con 2 tarjetas GPUs Nvidia Kepler K20 de 5 GB de RAM, 2o cores en 2 procesadores Xeon 2680v2 a 2.8 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y disco duro de estado sólido de 128 GB.
- 1 nodo con 512 GB de memoria RAM a 1600 MHz, 32 cores en 4 Procesadores Xeon 4620v2 a 2.6 GHz y disco duro de 1 TB.
- 1 Sistema de archivos paralelo de alto rendimiento en alta disponibilidad basado en Lustre montado con 4 servidores BullX y 5 cabinas NetApp E2700. El sistema tiene una capacidad de 40 TB netos, una velocidad de 6.9 GB/s en escritura y 5.1 GB/s en lectura.
- Una red de cálculo infiniband FDR de baja latencia y 56 Gb/s de ancho de banda uniendo todos los elementos.
- Un servidor de gestión BullX con 2 procesadores Xeon 2650v2 con 8 cores cada uno a 2.6 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y 3 TB de disco neto con mirroring.
- Elementos accesorios como rack, una red de servicio, software de gestión y monitorización, etc.
 Cluster Arina 
The Scientific Computing Service of the UPV/EHU(IZO-SGI) has released the new computing resources of the cluster Arina. This cluster offers High Performance Computing services to the scientific community of the university as well as to enterprises and other public institutions. With this renewal, the service continues offering cutting edge resources to the researchers to maintain and improve the technical-scientific production and international competitiveness.
The extension of the cluster tries to cover the needs that have been detected in several aspects of the computation. We emphasize the following:
- A high RAM memory system(512 GB) oriented to genomic sequencing, but also with applicability to other areas.
- A node with 2 Nvidia Kepler K20 GPUs for any kind of applications that use these increasingly computing system.
- A high capacity (40 TB) and high performance file system with ~6 GB/s input/output bandwidth. I.e, it can store the capacity of 60.000 CDs and can read or write in just one second the equivalent to 9. This filesystem is not for static data but is used for temporary storage of the calculations. The genetic applications, Quantum Physics and Chemistry, big data, etc will take advantage of this system.
- All the elements are connected with a high bandwidth (56 Gb/s) and low latency network, equivalent to 560 domestic connections at 100 Mb/s. The filesystem is also connected through this network.
- Finally, of course, computing power based on last generation of Intel Xeon Ivy-bridge processors, with quite a lot RAM memory (128 GB) and solid stated hard disk, much faster than traditional ones.
The new resources have been integrated in the Arina cluster and we have call it Katramila, messy in basque, because of the particular door of the rack, as you can see in the photograph, and because the integration of it has been messy.
Below you can found a more detailed description of the equipment:
- 32 BullX nodes with 662 cores oriented to processing with the following characteristics:
- 30 blade nodes with 20 cores in 2 Xeon 2680v2 processors at 2.8 GHz, 128 GB RAM at 1867 MHz and a 128 GB solid state hard disk.
- 1 node with 2 Nvidia Kepler K20 GPUs with 5 GB RAM, 20 cores in 2 Xeon 2680v2 processors at 2.8 GHz, 128 GB RAM at 1867 MHz and a 128 GB solid state hard disk.
- 1 node with 512 GB of RAM at 1600 MHz, 32 cores in 4 Xeon 4620 v2 processors at 2.6 GHz and 1 TB of hard disk.
- 1 high performance file system in high availability based in Lustre and build with 4 BullX servers and 5 E2700 Netapp storage systems with 40 TB of capacity, 6.7 GB/s write speed and 5.1 GB/s read speed.
- A FDR infiniband network with low latency and high bandwidth (56 Gb/s) connecting all the elements.
- A BullX administration node with 2 Xeon 2650v2 processors with 8 cores each at 2.6 GHz, 128 GB of RAM at 1867 GHz and 3 TB of disk in mirror configuration.
- Other elements like rack, service network, administration tool, etc.
Ikerkuntzari Zuzendutako Informatikako Zerbitzu Orokorrak (Kalkulu zientifikoa IZO-SGI) Arina klusterraren atal berria produkzioan jarri du. Atal berri honekin, konputazio zerbitzuak eskaintzen dira bai unibertsitate, zein enpresa eta bestelako erakunde publikoei ere. IZO/SGI SGIKer-ren helburua, ikertzaileei punta-puntako ekipamendua eskura jartzea da beraien produkzio zientifiko-teknikoa eta lehiakortasun internazionala mantendu eta hobetzeko.
Arinaren osagai berri hauek, erabiltzaileen artean somatu diren beharrak asetzen dituzte eta konputazioaren hainbat aspektu tekniko osatzen ditu ere. Azpimarratu daitezken batzuk dira:
- RAM Memoria handiko (512 GB) sistema bat sekuentziatzio genomikora bideratua baina beste arloetan ere aplikazioak dituena.
- 2 Nvidia Kepler K20 GPU tarjetak dituen sistema bat gero eta ohikoagoa den GPU konputazioarako.
- Eraginkortasun handiko fitxategi sistema bat (almazenamendua). Biltegiratze tamaina handikoa (40 TB) eta eragikortasun paregabekoa datuak idazteko eta irakurtzeko garaian, ~6 GB/s-ko abiadurarekin. Hots, 60.000 CD-ren kapazitate berdina eta 10 CD-tan sartzen den informazioa segundo batean idazteko edo irakurtzeko ahalmenarekin. Fitxategi sistema hau ez da almazenamendu estatikoarentzako, kalkuluak modu eraginkorrean egin ahal izateko baizik. Aplikazio genetikoak, kimika eta fisika kuantikoa, big data, etab-ek. hartuko dute honen abaintaila.
- Elementu guztiak zabalera handiko (56 Gb/s) eta latentzia baxuko komunikazio sare baten bitartez konektatuta daude. Banda zabalera hau, etxeetan dugun 100 Mb/s-ko 560 sareen baturaren baliokidea da. Eraginkortasun handiko almazenamendua ere sare honen bitartez konektatuta dago.
- Azken belaunaldiko Intel Xeon Ivy-bridge prozesagailuetan oinarritutako kalkulu pontentzia, 128 GB-etako RAM memoriarekin eta egoera solidoko disko zurrunekin.
Anpliazio berria Arina klusterrean integratu da eta Katramila deitu diogu, armairua duen ate bereziagatik (ikus goiko irudia) eta integrazioa katramilatsua izan delako.
Eskuratutako elementuen zehaztazunak honakoak dira:
- 32 BullX nodo 662 koreekin prozesamendura bideratuta ondorenko ezaugarriekin:
- 30 nodo 2.8 GHz-etako 20 core-ekin, 2 Xeon 2680v2 prozesagailuetan banatuak, bakoitza 128 GB eta 1867 MHz RAM memoria eta 128 GBetako egoera solidoko disko zurrunarekin.
- Nodo bat 2 tarjeta Nvidia Kepler K20, 5 GB RAM dituztenak. 2.8 GHz-etako 20 core-ekin, 2 Xeon 2680v2 prozesagailuetan banatuak, 128 GB eta 1867 MHz RAM memoria eta egoera solidoko disko zurrunarekin.
- Nodo bat 512 GB eta 1600 MHz RAM memoriarekin, 2.6 GHz-etako 32 core-ekin, 4 Xeon 4620v2 prozesagailuetan banatuak eta TB bateko diskoarekin.
- Eraginkortasun handiko fitxategi sistema paralelo bat disponibilitate handian eta Lustren oinarrituta, 4 zerbitzari BullX-ekin eta 5 NetApp E2700 kabinekin eraikitakoa. Sisteman 40 TBetako kapazitate netoa dauka eta 6.9 GB/s-ko abiadurarekin idazten eta 5.1 GB/s-koa irakurtzen ditu datuak.
- Latenzia baxuko eta 56 Gb/s banda zabalerako FDR Infiniband sarea klusterreko elementu guztiak komunikatzeko.
- Administrazio BullX zerbitzari bat 2.6 GHz-etako 16 core-ekin, 2 Xeon 2650v2 prozesagailuetan banatuak. 128 GB eta 1867 MHz RAM memoria eta 3 TB-etako almazenamendua ispulu moduan konfiguratua.
- Rack, software, zerbitzu sare bat, monitorizazio, etab bestelako elementuak.
 Ada Lovelace (1815-1852) fue la primera persona en programar ordenadores cuando estos aun ni siquiera existían, sino que solo eran diseños de futuras máquinas de cálculo. Ada se ha convertido en un símbolo sobre el reconocimiento del papel de las mujeres en la Ciencia y todos los 14 de Octubre se celebra el día internacional de Ada Lovelace para promover el papel de las mujeres en Ciencia, Tecnología, Ingeniería y Matemáticas.
Para saber más de Ada Lovelace podéis leer sus entradas en la Wikipedia (Euskera)(Español)(Inglés). La organización impulsora del Día de Ada es findingada.com.
 Curso que se llevará a cabo en Bilbao los días 10 y 11 de Octubre y que puede ser un buen complemento con el curso sobre el software R que se dará también a principios de Octubre.
Datos del curso
Objetivo
Implementar y desarrollar las diferentes herramientas estadísticas y multivariantes en el ámbito biológico.
Agenda
Martes 10 de Octubre
16:00:-20:00: Análisis estadísticos, análisis descriptivo o univariante, ejercicios prácticos y análisis multivalentes.
Martes 11 de Octubre
16:00:-20:00: Programa SPSS, análisis de Componentes Principales, Multidimensional scaling, otros software libres aplicados a genética de poblaciones, evaluación y clausura del curso.
Inscripciones
Inscripciones en el Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi. 15 plazas como máximo. Precios consultar la información completa en el link del curso, al final.
Profesor
Dr. Montse Hervella. Dpto. Genética, Antropología Física y Fisiología Animal. Fac. Ciencia y Tecnología (UPV/EHU)
Lugar
Euskadiko Biologoen Elkargo Ofiziala – Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi
Licenciado Poza, 31-5o-Dpto. 1.
48011 Bilbao
944276251 : 944276729
cobeuskadi@cobeuskadi.es
www.cobeuskadi.es
Mas información
Más detalles sobre el curso en este link del Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi.
Más detalles sobre el Curso de estadística con R en Bilbao.
Sobre el programa R.
R es un potente programa de estadística libre gratuito y multiplataforma. El curso se llevará a cabo en Bilbao los días 7 y 14 de Octubre.
Datos del curso
Objetivo
Adquirir destreza en el uso del programa R a la hora de llevar a cabo análisis estadísticos y figuras.
Agenda
Martes 7 de Octrubre
15:30:-17:30: Presentación general del programa R: instalación denecesarias y funcionamiento general.
17:30-19:30: Estadística descriptiva y creación de figuras.
Martes 14 de Octrubre
15:30:-17:30: Estadística paramétrica y no paramétrica en R.
17:30-19:30: Estadística multivariante (MANOVA, ACP y MDS).
*Para el segundo día los alumnos podrán traer datos propios para trabajar con ellos.
Inscripciones
Inscripciones en el Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi. 15 plazas como máximo. Precios consultar la información completa en el link del curso, al final.
Profesor
Dr. Aitor Larrañaga Arrizabalaga. Departamento de Biología Vegetal y Ecología, UPV/EHU
Lugar
Euskadiko Biologoen Elkargo Ofiziala – Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi
Licenciado Poza, 31-5o-Dpto. 1.
48011 Bilbao
944276251 : 944276729
cobeuskadi@cobeuskadi.es
www.cobeuskadi.es
Mas información
Más detalles sobre el curso en este link del Colegio Oficial de Biólogos de Euskadi.
Sobre el programa R.
Memoria 2013
Ikerkuntzari zuzendutatko Informatikako zerbitzuak (Kalkulu Zientifikoa) IZO-SGI SGIker 2013ko txostena argitaratu du. Txosten osoa ondorengo estekan dago:
2013ko IZO-SGIren urteko txostena (pdf gazteleraz)
Aurten ere, UPV/EHUko Kalkulu Zerbitzuak bere zenbaki ia gehienak hobetu edo mantendu ditu beheko taula konparatiboan argi ikusi daiteken moduan. Atal positiboetan nabarmendu dezakegu argitalpen zientifikoen igoera, makinaren erabilpenaren igoera itxaron denboran eragin nabarmenik izan gabe eta blogaren bisita kopuruaren igoera. Elementu negatiboen aldetik, web orrialdeko bisiten erorketa eta makinen matxuren ondorioz izandako baliabideen murrizpena aipatu ditzakegu. Zerbitzuak oso puntuazio ona jarraitzen du izaten ikertzaileei egindako satisfazio inkestan.
Eskeronak
Zerbitzuko memoriarekin batera, zerbitzuko ikertzaileak eskertzen ditugu Zerbitzuan jarritako konfiantzagatik, izan ere, Zerbitzuaren zenbaki onak beraien merituak baitira.
IZO-SGI zerbitzua zenbakietan
Ondorengo taulan azken urteko Zerbitzuko datu esanguratsuenak laburbiltzen dira. Beheko irudian berriz Arinaren erabilera erakusten da.
|
2009 |
2010 |
2011 |
2012 |
2013 |
| Kalkulu koreak |
440 |
872 |
1.520 |
1.520 |
1.400 |
| Erabilitako kalkulu orduak (milioiak) |
2,11 |
2,26 |
5,76 |
11,27 |
10,4 |
| Ikertzaile aktiboak |
101 |
98 |
90 |
89 |
99 |
| Talde aktiboak |
53 |
40 |
39 |
42 |
47 |
| Kontu berriak |
49 |
33 |
33 |
20 |
34 |
| Ikertzaileen satisfakzioa¹ |
8.9 |
8.8 |
8.8 |
9,3 |
9,3 |
| Artikulu zientifikoak² |
44 |
58 |
57 |
74 |
87 |
| Web bisitak |
4.925 |
5.957 |
8.022 |
9.899 |
5.924 |
| Orrialde ikusiak |
58.731 |
40.987 |
30.042 |
30.738 |
20.323 |
| Postak HPC blogan |
– |
29 |
34 |
27 |
47 |
| Bisitak HPC blogan |
– |
1.431 |
3.818 |
4.741 |
24.613 |
| Arina |
|
|
|
|
| Kalkulu koreak |
320 |
752 |
1.360 |
1.360 |
1.320 |
| Erabilitako kalkulu orduak (milioiak) |
2,07 |
2,11 |
5,20 |
9,6 |
9,8 |
| Okupazio batez bestekoa |
75% |
47%³ |
74% |
79% |
83% |
| Bidalitako lanak |
38.497 |
65.179 |
68.991 |
98.383 |
100.214 |
| 2 minutuko baino gehiagoko lanak⁴ |
28.377 |
50.624 |
51.735 |
78.846 |
75.406 |
| Batez besteko lanen denbora⁵ |
76 ordu |
44 ordu |
101 ordu |
122 ordu |
130 ordu |
| Batez besteko itxaron denbora⁶ |
5,7 ordu |
3,8 ordu |
3,8 ordu |
5,2 ordu |
5,5 ordu |
| Péndulo |
|
|
|
|
| Kalkulu koreak |
120 |
120 |
120 |
80 |
80 |
| Erabilitako kalkulu orduak (milioiak) |
0,02 |
0,15 |
0,09 |
0,07 |
0,04 |
| Ikerbasque |
|
|
| Kalkulu koreak |
– |
– |
208 |
208 |
208 |
| Erabilitako kalkulu orduak (milioiak) |
– |
– |
0,47 |
1,6 |
0,55 |
¹ SGIker Kalitate unitateagatik egindako zerbitzuari buruzko inkesta.
² Non IZO-SGI eskertzen da.
³ 2010ko erabilera nahiko txikia diruri, makina berriak instalatu ziren 300 koretik 752ra pasatzen eta Uztailaren bukaeran izan zen. Abuztuan eta Irailan makina oso utxik egon zen eta hilabete hauek pisu handia eduki dute urteko batazbestekoan. Azaroan adibidez erabilpena %76 zen berriz.
⁴ 2 minutu baino gutxiago irauten duten lanak normalean kale egin duten lanak dira. Bere iraupen motxagatik pisu txikia dute clusterraren erabileran.
⁵ Ez dira kontutan hartu bi minutu baino gutxiagoko lanak.
⁶ Lanek kola sistema baten bitartez bideratzen dira zeinek lan bakoitzari dagokion baliabideak ematen dizkio. Lanen itxaron denbora kolan baliabideak itxoiten ematen duten denbora da.
⁷ Makina apirilean itzali zen.
 Arinaren erabilera 2012 Abendutik 2013ko Azarora arte.
2013 year report
The Computing Service IZO-SGI SGIker of the UPV/EHU has published the 2013 year report, which can be found in the next link:
IZO-SGI 2013 year report (pdf in spanish)
The Computing Service has increased or maintained their main indexes as can be observed in the table below. Among the positive indexes, we can mention the increase of scientific publications, the increase in the use of the machine without a noticeable impact in the waiting time and the increase in the number of visits of the blog. In the negative part, we had ta drop of visits to the web page and the decrease of computing resources due to failure. The Service continues having an excellent score in the satisfaction poll between the researches.
Acknowledgments
We would like to acknowledgment to all the researchers that have relied on the service, most of the good results of the Service are in fact their merits and not ours.
The IZO-SGI in numbers
In the table below, the main figures of the Service in the last years is summarized and in the graph at the very bottom the use of Arina is shown.
|
2009 |
2010 |
2011 |
2012 |
2013 |
| Computing cores |
440 |
872 |
1.520 |
1.520 |
1.400 |
| Consumed millions of hours |
2,11 |
2,26 |
5,76 |
11,27 |
10,4 |
| Active researches |
101 |
98 |
90 |
89 |
99 |
| Active groups |
53 |
40 |
39 |
42 |
47 |
| New accounts |
49 |
33 |
33 |
20 |
34 |
| Satisfaction of the researches¹ |
8.9 |
8.8 |
8.8 |
9,3 |
9,3 |
| Scientific articles² |
44 |
58 |
57 |
74 |
87 |
| Web visits |
4.925 |
5.957 |
8.022 |
9.899 |
5.924 |
| View pages |
58.731 |
40.987 |
30.042 |
30.738 |
20.323 |
| Posts in the HPC blog |
– |
29 |
34 |
27 |
47 |
| Visits of the HPC blog |
– |
1.431 |
3.818 |
4.741 |
24.613 |
| Arina |
|
|
|
|
| Computing cores |
320 |
752 |
1.360 |
1.360 |
1.320 |
| Consumed millions of hours |
2,07 |
2,11 |
5,20 |
9,6 |
9,8 |
| Mean occupation |
75% |
47%³ |
74% |
79% |
83% |
| Submitted jobs |
38.497 |
65.179 |
68.991 |
98.383 |
100.214 |
| More than 2 minutes jobs⁴ |
28.377 |
50.624 |
51.735 |
78.846 |
75.406 |
| Job mean computing time⁵ |
76 hours |
44 hours |
101 hours |
122 hours |
130 hours |
| Job mean waiting time⁶ |
5,7 hours |
3,8 hours |
3,8 hours |
5,2 hours |
5,5 hours |
| Péndulo |
|
|
|
|
| Computing cores |
120 |
120 |
120 |
80 |
80 |
| Consumed millions of hours |
0,02 |
0,15 |
0,09 |
0,07 |
0,04 |
| Ikerbasque |
|
|
| Computing cores |
– |
– |
208 |
208 |
208 |
| Consumed millions of hours |
– |
– |
0,47 |
1,6 |
0,55 |
¹ Satisfaction pool by the SGIker Quality Unit.
² Where the IZO-SGI is acknowledged.
³ The use in 2010 is apparently low because new machines where installed passing form 300 cores to 752 cores in July. In August and September Arina was quite empty and the weigh of these months has had a lot of importance in the mean value. In fact in November the mean use was already in the 76%.
⁴ Jobs with less than 2 minutes of computing time are usually failed jobs. In any case due to the short duration they don’t have relevance in the usage.
⁵ The jobs with less than 2 minutes of computing time are not taken into account.
⁶ The jobs are executed through a queue system that assign proper resources to the jobs. The waiting time is the time the jobs spend in the queue waiting for the resources to be available.
⁷ The machine was switch off in April.
Use of Arina between 2012 December and 2013 November.
Memoria 2013
El Servicio de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) IZO-SGI SGIker ha publicado la memoria del 2013. La memoria completa puede encontrarse en el siguiente enlace:
IZO-SGI memoria del 2013 (pdf)
Un año más el Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) de la UPV/EHU sigue mejorando la mayoría de sus índices o manteniéndolos. Esto lo podemos observar claramente en el rápido examen comparativo de la tabla inferior. Entre los aspectos positivos cabe destacar el aumento de publicaciones, el incremento significativo de ocupación de la máquina sin excesivo impacto en los tiempos de espera y el incremento de visitas en el blog. Como elementos negativos podemos mencionar la caída de visitas de la página web del Servicio y la inevitable perdida de recursos por avería. El Servicio sigue manteniendo una excelente puntuación en la encuesta de satisfacción de los investigadores.
Agradecimientos
Queremos aprovechar estas líneas para agradecer la confianza depositada en el Servicio por los investigadores dado que buena parte de los buenos números del Servicio son más mérito suyo que nuestro.
El IZO-SGI en cifras
En la siguiente tabla se resumen los datos más significativos del Servicio de cálculo en los últimos años. En la figura inferior se muestra la ocupación de Arina.
|
2009 |
2010 |
2011 |
2012 |
2013 |
| Cores de cálculo |
440 |
872 |
1.520 |
1.520 |
1.400 |
| Millones de horas de cálculo consumidas |
2,11 |
2,26 |
5,76 |
11,27 |
10,4 |
| Investigadores activos |
101 |
98 |
90 |
89 |
99 |
| Grupos activos |
53 |
40 |
39 |
42 |
47 |
| Cuentas nuevas |
49 |
33 |
33 |
20 |
34 |
| Satisfacción de los investigadores¹ |
8.9 |
8.8 |
8.8 |
9,3 |
9,3 |
| Artículos científicos² |
44 |
58 |
57 |
74 |
87 |
| Visitas web |
4.925 |
5.957 |
8.022 |
9.899 |
5.924 |
| Páginas vistas |
58.731 |
40.987 |
30.042 |
30.738 |
20.323 |
| Posts en el blog HPC |
– |
29 |
34 |
27 |
47 |
| Visitas del blog HPC |
– |
1.431 |
3.818 |
4.741 |
24.613 |
| Arina |
|
|
|
|
| Cores de cálculo |
320 |
752 |
1.360 |
1.360 |
1.320 |
| Millones de horas de cálculo consumidas |
2,07 |
2,11 |
5,20 |
9,6 |
9,8 |
| Promedio de ocupación |
75% |
47%³ |
74% |
79% |
83% |
| Trabajos enviados |
38.497 |
65.179 |
68.991 |
98.383 |
100.214 |
| Trabajos de más de 2 minutos⁴ |
28.377 |
50.624 |
51.735 |
78.846 |
75.406 |
| Tiempo promedio por trabajo⁵ |
76 horas |
44 horas |
101 horas |
122 horas |
130 horas |
| Tiempo medio de espera⁶ |
5,7 horas |
3,8 horas |
3,8 horas |
5,2 horas |
5,5 horas |
| Péndulo |
|
|
|
|
| Cores de cálculo |
120 |
120 |
120 |
80 |
80 |
| Millones de horas de cálculo consumidas |
0,02 |
0,15 |
0,09 |
0,07 |
0,04 |
| Recursos Ikerbasque |
|
|
| Cores de cálculo |
– |
– |
208 |
208 |
208 |
| Millones de horas de cálculo consumidas |
– |
– |
0,47 |
1,6 |
0,55 |
¹ Encuesta de satisfacción de los usuarios del Servicio realizada por la Unidad de Calidad de SGIker. ² En los que se agradece al IZO-SGI. ³ El uso de 2010 es aparentemente bajo debido a que se instaló una ampliación de Arina que pasó de 300 cores a 752 y se hizo disponible a finales de Julio. Esto provocó que en Agosto y Septiembre Arina estuviese muy vacía y, debido a la magnitud de la ampliación, estos meses han tenido mucho peso en la media anual. En el mes de Noviembre ya se alcanzó un 76% de ocupación. ⁴ Los trabajos de menos de 2 minutos se deben normalmente a trabajos fallidos que terminan inmediatamente en error. En cualquier caso, aun de no ser así, dada su corta duración no repercuten en el cluster. ⁵ No se han tenido en cuenta los trabajos de menos de dos minutos. ⁶ Los trabajos se ejecutan a través de un sistema de colas que asigna a cada trabajo los recursos que se le han solicitado y ordena su ejecución para optimizar el uso del cluster. El tiempo en cola es el tiempo que están esperando los trabajos hasta que se liberan los recursos que necesitan. ⁷ La máquina se apagó en Abril.
Uso de Arina de Diciembre de 2012 a Noviembre de 2013.
|
|
Comentarios