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El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) -IZO/SGI- dentro el marco del contrato firmado con el CIC-nanoGUNE ha ampliado sus recursos computacionales.
La ampliación consta de 648 nuevos cores de computación, una ampliación del sistema de archivos paralelo para cálculo hasta los 22 TB y una ampliación adquirida por el IZO-SGI del HOME de 5.6 TB.
En más detalle se han adquirido 54 nodos con doble procesador Xeon cada uno de 6 cores a 2.4 GHz, lo que da el total de 648 cores. Los nodos están conectados entre sí con una red infiniband a 40 Gb/s y tienen un disco local de 250 GB. La memoria RAM de los nodos se distribuye en:
- 1 nodo de 96 GB.
- 18 nodos de 48 GB.
- 35 nodos de 24 GB.
Se ha ampliado el rendimiento y la capacidad del sistema de archivos paralelo basado en Lustre hasta los 22 TB.
Además el IZO-SGI ha ampliado la capacidad hasta los 5.6 TB y el rendimiento de su /home con un nuevo sistema en alta disponibilidad.
 Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina En la imagen el cluster de cálculo Arina del IZO-SGI, principal infraestructura dedicada al cálculo científico de la UPV/EHU.
The Service of Informatics applied to the research (Scientific Computing) -IZO/SGI- in the framework of the contract signed with CIC-nanoGUNE has increased its computational resources.
The increase consist in new 648 computation cores, an extension of the parallel filesystem up to 22 TB and a new /home with 5.6 TB.
In detail, 54 computing nodes have been acquired with two Xeon processors each. The processor has 6 2.4 GHz cores, so we have new 648 cores. The nodes are interconnected with a 40 Gb/s infiniband network and have a 250 GB local disk. The RAM memory is distributed as follows:
- 1 node with 96 GB.
- 18 nodes with 48 GB.
- 35 nodes with 24 GB.
The parallel filesystem for calculations, based on Lustre, has also been upgraded in performance and size up to de 22 TB.
In addition, the IZO-SGI has a new /home filesystem with increased performance and bigger size, 5.6 TB, configured in high availavility.
Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina In the image the cluster for computing of thel IZO-SGI, the main infrastructure for scientific calculation of the UPV/EHU.
Ikerkuntzari zuzendutako Informatikako Zerbitzuak (Kalkulo Zientifikoa) -IZO/SGI- CIC-nanoGUNErekin sinatutako kontratuaren barruan bere baliabide konputazionalak handitu ditu.
648 kore berri erosi dira, kalkulurako erabiltzen den eraginkortasun handiko fitxategi sistema paraleloa ere 7 Gb-etatik 22 TBetaraino handitu da eta IZO-SGI-ak 5.6 TBetakoa /home berria erosi du ere.
Zehatzagoak izatearren 54 conputazio nodo erosi dira. Bakoitzak bi prozesagailu ditu. Prozesagailu hauek 2.4 GHz-etako 6 kore ditu bakoitzak beraz guztira 648 kore berri daude. Nodoak 40 Gb/s -ko infiniband sare baten bitartez konektatuta daude eta 250 GB-etako disko gogor lokala dute. Nodoen RAM memoria banaketa ondoren adierazten dena da:
- 96 GB-etako nodo bat.
- 48 GB-etako 18 nodo.
- 24 GB-etako 35 nodo.
Kalkuluentzako fitxategi sistema paraleloa, Lustren oinarritatua, eraginkortasun eta tamainan, 22 TB-etaraino, hobetu da.
Gainera, IZO-SGIk /home berri bat eskuratu du eraginkortasun hobekoa eta 5.6 TB-etako tamainakoa, gainera, etaerabilgarritasun altuan konfiguratuta egongo da.
Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina Irudian IZO-SGIren Arina klusterra, UPV/EHUren kalkulurako azpiegitura nagusiena ageri da.
El grupo SLUN (Software Librea Unibertsitatean) organiza la segunda conferencia en la que, de forma conjunta, se encontrarán las personas y entidades que trabajan en el ámbito del software libre en las universidades de Euskadi.
La jornada se compone de ponencias invitadas por la organización y ponencias pertenecientes a Proyectos Fin de Carrera seleccionadas de entre las presentadas.
IM Barriola, Plaza Elhuyar, 1 Donostia/San Sebastián
16 diciembre, 2011
Más información en la página web del evento.
Este es el título de un artículo publicado por Matlab en su revista electrónica Matlab Digest. Muestran lo relativamente sencillo que puede ser usar las GPUs desde Matlab aplicándolo al ejemplo de la evolución de ondas bidimensionales.  De forma más general, mencionan el mayor problema actual para el uso de GPUs, que es la necesidad de mover los datos desde la RAM del ordenador a la GPU, siendo generalmente este trasiego de datos el cuello de botella de las aplicaciones y el elemento más crítico a la hora de considerar si una aplicación, cálculo o algoritmo es apto para GPUs.
Enlace al artículo GPU Programming in MATLAB
El proyecto SABUESO tiene como objetivo hacer aportaciones científicas e introducir mejoras de tipo tecnológico en el sistema de indexado y búsqueda de contenidos multimedia desarrollado por el Grupo de Trabajo en Tecnologías Software (GTTS) de la UPV/EHU.
GTTS os pide AYUDA para evaluar el prototipo de indexado y búsqueda de contenidos multimedia (Hearch)
En euskera http://gtts.ehu.es/HearchTestEU
En castellano http://gtts.ehu.es/HearchTest
Recompensa
Se sorteará un IPAD2 entre todos los participantes .
La plataforma de evaluación
GTTS ha diseñado una Aplicación Web con un repertorio de hasta 100 preguntas, que permite buscar respuestas en un gran corpus de noticias de informativos Teleberri y Gauregun de la Televisión Pública Vasca (ETB) grabados entre 2008 y 2009.
- No es necesario intentar contestar a todas las preguntas: cualquier cantidad cuenta.
- El manejo es muy intuitivo.
- Podéis abandonar las búsquedas y reanudarlas tantas veces como queráis.
- Cuanto más uséis el sistema mejor será para la significación estadística de los resultados.
Más información
Proyecto SABUESO.
Página web del Grupo de Trabajo en Tecnologías Software (GTTS).
El Servicio de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) IZO-SGI ha publicado la memoria del 2010
La memoria completa puede encontrarse en el siguiente enlace
Memoria del 2010 del IZO-SGI(pdf)
El IZO-SGI de un vistazo
|
2009 |
2010 |
| Cores de cálculo |
440 |
872 |
| Cores de cálculo (Arina) |
320 |
752 |
| Horas de cálculo consumidas |
2.15 millones |
2.25 millones |
| Promedio de ocupación (Arina) |
75.00% |
47%¹ |
| Trabajos enviados (Arina) |
38497 |
65179 |
| Trabajos de más de 2 minutos² |
28377 |
50624 |
| Tiempo promedio por trabajo³ |
75.8 horas |
44.4 horas |
| Tiempo medio de espera (Arina)† |
5.7 horas |
3.8 horas |
| Investigadores activos |
101 |
98 |
| Grupos activos |
53 |
40 |
| Cuentas nuevas |
49 |
33 |
| Satisfacción de los usuarios‡ |
8.9 |
8.8 |
| Artículos científicos†† |
44 |
54 |
| Visitas web |
4925 |
5957 |
| Páginas vistas |
58731 |
40987 |
| Posts en el blog HPC |
– |
29 |
| Visitas del blog HPC |
– |
1431 |
Arina Es el nombre del cluster de cálculo del IZO-SGI.
¹ El uso de 2010 es aparentemente bajo debido a que se instaló una ampliación de Arina que pasó de 300 cores a 752 y se hizo disponible a finales de Julio. Esto provocó que en Agosto y Septiembre Arina estuviese muy vacía y, debido a la magnitud de la ampliación, estos meses han tenido mucho peso en la media anual. En el mes de Noviembre ya se alcanzó un 76\% de ocupación.
² Los trabajos de menos de 2 minutos se deben normalmente a trabajos fallidos que terminan inmediatamente en error. En cualquier caso, aun de no ser así, dada su corta duración no repercuten en el cluster.
³ No se han tenido en cuenta los trabajos de menos de dos minutos. Tal vez sea relevante tener en centa que con la ampliación se han adquirido procesadores más rápidos.
† Los trabajos se ejecutan a través de un sistema de colas que asigna a cada trabajo los recursos que se le han solicitado y ordena su ejecución para optimizar el uso del cluster. El tiempo en cola es el tiempo que están esperando los trabajos hasta que se liberan los recursos que necesitan.
‡ Encuesta de satisfacción de los usuarios.
†† En los que se agradece al IZO-SGI.
The Computing Service (IZO-SGI) of the UPV/EHU has published the report of the 2010 year.
The complete report in Spanish can be found in the following link
IZO-SGI 2010 year report (pdf)
The IZO-SGI Computing Service at a glance
|
2009 |
2010 |
| Computing cores |
440 |
872 |
| Computing cores (Arina) |
320 |
752 |
| Consumed computing hours |
2.15 millions |
2.25 millions |
| Mean occupation (Arina) |
75.00% |
47%¹ |
| Sent jobs (Arina) |
38497 |
65179 |
| <2 minutes jobs² |
28377 |
50624 |
| Mean time bper job³ |
75.8 hours |
44.4 hours |
| Queued mean time (Arina)† |
5.7 hours |
3.8 hours |
| Active researches |
101 |
98 |
| Active research groups |
53 |
40 |
| New accounts |
49 |
33 |
| Users satisfacction pool |
8.9 |
8.8 |
| Scientific articlesl‡ |
44 |
54 |
| Visits to the web |
4925 |
5957 |
| Viewed pages |
58731 |
40987 |
| Posts in the HPC blog |
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29 |
| Visits to the HPC blog |
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Arina Is the name of the main computing cluster of the IZO-SGI.
¹ The use in the 2019 is aparently low because we increased the number of cores from 300 up to 752 at the end of July. In August and September the cluster remained quite empty and this had an important impact on the mean value. In the November the monthly use was again at the 76%.
² The jobs that use less than 2 minutes are normally failed jobs or in any case they have low impact in the cluster.
³ The jobs has not been taken into account. Maybe it is relevant that the new nodes are faster than the old ones.
† The jobs are executed through a queue software that organize the jobs and assign the proper resources to each one.
‡ Articles where the IZO-SGI is acknowledged.
The RES User Seminar Users of Programming Models GRIDSs, COMPSs
27th and 28th October 2011 in Valencia.
The seminar is aimed at RES users, researchers and technicians interested in parallel programming. Investigators from the Department of Computer Science BSC-CNS, will introduce the basics of programming models GRIDSs, COMPSs, MPI, SMPS and STARSs.
You can check the program, proceed to register till 25th October at 12h (CET) and find extra information in the following link:
www.bsc.es/RES/programming-models-2011
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