Los proyectos de investigación que lleva a cabo la Cátedra UNESCO sobre Desarrollo Sostenible y Educación Ambiental se encuentran relacionados con el medio ambiente en general, aunque destacan aquellos que se encuentran relacionados con los servicios de los ecosistemas, el cambio climático, la reserva de la Biosfera de Urdaibai o la geodiversidad, entre otros.
En la actualidad la Cátedra UNESCO se encuentra trabajando en distintos proyectos de investigación, entre los que destacamos: