Oinarrizko Metodologia Biokimikoa ikasgaia, ikasgai praktikoa dugu ia bere osotasunean. Ikerketa-zentro, bioteknologia-industria edo akademiako laborategietan lan egiteko oinarrizkoak diren ezagutzak jasoko dituzue. Bibliografiaren erabilera, esperimentuen diseinua, segurtasuna laborategian eta etika landuko ditugu lehen lauhilekoan; aipaturiko ezagutza hauek graduan zehar ikerketa-lanak aurkezteko orduan baliogarriak izango zaizkizue. Bigarren lauhilekoan, graduan zehar laborategiko jardueratan erabiliko dituzuen tekniken oinarrizko ezagutza eta trebetasuna jasoko duzue. OMBko 2. lauhilekoko ikaskuntza aktibitateek lotura zuzena izango dute 2. mailako Teknika instrumentalak izeneko ikasgaiarekin, non kromatografia, elektroforesia eta proteinen purifikazioaren inguruko gaietan sakonduko den. Aipatzekoa ere 1. mailako Biokimika I ikasgaiaren laborategi praktiketako jarduerekiko osagarritasuna ere baduela OMBk.

Etorkizunean ikerketa-zentro, bioteknologia-industria edo irakaskuntza-erakundeetan lan egitea ahalbidetuko dizuen formazioa jasotzea da ikasgai honen helburu orokorra.

Horretarako landuko diren gaitasunak honakoak izango dira:

- Laborategian egoki lan egiteko ezagutza jasoko duzue.

- Biokimikan ohikoa den instrumentazioa eta metodologia esperimentala erabiltzen trebetasuna hartuko duzue.

- Alorreko literatura zientifikoa maneiatzen eta aplikatzen ikasiko duzue.

- Esperimentuak diseinatu, hauek burutu, deskribatu eta aztertuko dituzue, eta emaitzak kritikoki balioztatzen, eta ondorioak ateratzen ikasiko duzue.

Gaiak

I BLOKEA: Bilaketa bibliografikoak. Artikuluak eta aldizkari zientifikoak eta datu biltegietan egindako bilaketak.

1. gaia: Aldizkari eta artikulu zientifikoak. Zientzia artikulu baten egitura. Nola idatzi behar da artikulu bat? Nola argitaratzen da? Zientzia aldizkari motak. Inpaktu faktorea. Formatu elektronikoa duten aldizkariak.

2. gaia: Bibliografia bilaketak. Zientzia artikuluen datu-biltegiak. PubMed izeneko datu-biltegia. PubMed-eko erregistro baten egitura. PubMed-eko bilaketa motorra. Bilaketarako estrategiak. Science Citation Index.



II BLOKEA. Biokimikako laborategian egoki jardutea. Metodo zientifikoaren garrantzia biokimikako ikerkuntzan.

3. gaia: Metodo zientifikoa biokimikako ikerkuntzan. Hipotesi bat planteatzea. Esperimentuen diseinua. Emaitzak tratatzea eta balioztatzea. Ondorioak lantzea. Gogoeta etikoak.

4. gaia: Biokimikako laborategian lana modu egokian egitea, segurtasuna. Arriskuak aurreikustea (arrisku fisiko, kimiko, biologiko eta erradiologikoak). Segurtasun neurri orokorrak eta norbanakoenak. Segurtasun arauak. Larrialdi egoeretako jokabideak.



III BLOKEA: Esperimentazio mailak biokimikan. Zelula-sistemak eta zelulen frakzionamendua.

5. gaia: Esperimentazio-mailak biokimikan. Animalia osoa, organo, ehun edo zelula isolatuekin egindako ikerketak. Molekula mailako ikerketak (egitura eta funtzioa). Zelulen sistemak. Zelula mota ezberdinak banatzeko teknikak: zentrifugazioa, elutriazio zentrifugoa, fluxu zitometria. Zelulen hazkuntzak. Zelulen lerroak. Zelulen kuantifikazioa eta bideragarritasuna. Hemozitometroa.

6. gaia: Zelulen frakzionamendua. Homogeneizatzeko eta erauzkin gordina lortzeko metodoak. prestaketa zentrifugazioa (diferentziala eta dentsitate-gradientean). Zelularen organuluak identifikatzeko entzima markatzaileak. Organuluen bideragarritasuna. Zentrifugazio analitikoa.



IV BLOKEA: Biokimikako laborategian erabiltzen diren oinarrizko teknikak.

7. gaia: Kromatografia. Oinarrizko kontzeptu orokorrak. Polaritatean oinarritutako kromatografia teknikak (likido-likido, gas-likido eta likido-solido kromatografiak). Kargaren araberako kromatografiak (ioi-trukeko kromatografiak). Tamainan oinarritutako kromatografiak (gel-iragazpeneko kromatografia). Afinitate-kromatografia.

8. gaia: Elektroforesi-teknikak. Oinarrizko kontzeptu orokorrak. Elektroforesirako euskarriak. Tindaketa metodoak. Gradientean egindako elektroforesia. SDS-PAGE (SDS eta poliakrilamidaz osatutako geletan egindako elektroforesia). Fokapen isoelektrikoa. Bi dimentsioko elektroforesia. Elektroforesi kapilarra.

9. gaia: Espektrofotometria-teknikak. Oinarrizko kontzeptu orokorrak. Kromoforoak biokimikan. Xurgapen molarreko koefizienteak. Lambert-Beer legea. Tresneria: espektroskopia ikusgaia eta ultramorea.

10. gaia: Saio entzimatikoen diseinua. Jarduera katalitikoa kuantifikatzeko metodoak. Parametro zinetikoen kalkulu esperimentala.

11. gaia: Erradiokimika-teknikak. Atomo eta isotopoak. Desintegrazio erradioaktiboa. Igorpen erradioaktibo motak. Erradioaktibitate unitateak. Erradioaktibitatearen detekzioa eta neurketa.

12. gaia: Immunokimika-teknikak. Antigorputzak. Antigeno-antigorputz elkarrekintza. Antigorputz poliklonalak eta monoklonalak. Antigorputzen markaketa. Immunoprezipitazioa. Immunosaioak (ELISA, IRMA, RIA).

13. gaia: Hibridazio-teknikak. DNAren desnaturalizazioa eta birnaturalizazioa. Eragin hipokromiko eta hiperkromikoa. Zunden prestaketa eta markaketa. Azido nukleikoen hibridazioa. Polimerasaren erreakzio kateatua (PCR). RT-PCR. DNA txipak.

14. gaia: Identifikazio-teknikak (plapaketa edo blotting-a). Oinarrizko kontzeptuak. Transferentzia. Southern plapaketa. Northern plapaketa. Western plapaketa. Dot plapaketa.



Ikasgelako praktikak

Problemen ebazpenaren bidez eskola magistraletan ikasitakoa garatuko duzue:

- Zentrifugazioari buruzko problemak.

- Erradioaktibitate-problemak.

- Espektrofotometria-problemak.

- Entzimen erreakzio akoplatuei buruzko problemak.

- Hasleen diseinua.



Ordenagailuko praktikak

- Bibliografia bilaketak PubMed eta ISI-WOKen.



Laborategiko praktikak

- Zelulak apurtzeko metodoak.

- Sakarosazko dentsitate gradientean egindako zentrifugazioaren bidezko kloroplastoen purifikazioa.

- Mitokondrioak isolatu: malato deshidrogenasa aktibitatea.

- Gel iragazpeneko kromatografia.

- Arrautza-zuringoko lisozimaren purifikazioa ioi-trukeko kromatografia bidez.

- Proteinen poliakrilamidazko geletan egindako banaketa.

- Azido nukleikoen agarosazko gel-elektroforesia. Plasmido DNAren elektroforesi bidezko karakterizazioa.



Mintegiak

Aurkezpen txukunak egiten ikasiko duzue; horretarako, ikasgaiarekin zer ikusia duten gaiak landuko dituzue.

Ikasturtean zehar emango diren irakaskuntza mota desberdinetan parte hartzea derrigorrezkoa da ikasgaia gainditzeko.

• Ebaluazio Jarraituaren Sistema
• Azken Ebaluazioaren Sistema
• Kalifikazioko tresnak eta ehunekoak:
  • Lanen, irakurketen... aurkezpena (%): 10
  • Atal honetan bai teoriari (%45) baita laborategi-praktikei (%30) dagozkien ebaluazioez gain, ordenagailu-praktikak (%5) eta ariketak (%10) daude bilduta (%): 90

Teoria azterketa %45: erantzun egokiak, adierazpena, arrazoitzea eta terminologia zientifikoaren erabilera. Erantzunen %50ek zuzenak behar dute izan.

Laborategi Praktikak %30: bertaratzea, jarrera eta txostenaren txukuntasuna, argitasuna eta zuzentasuna; azterketa, erantzunen %50 zuzenak behar dira izan.

Ordenagailu Praktikak %5: bertaratzea, jarrera eta egindako ariketak entregatu.

Mintegia %10: bertaratzea, jarrera, informazioaren antolakuntza eta egituraketa, aztertzeko eta laburbiltzeko gaitasuna, aurkezpenaren argitasuna eta solasaldian parte hartzea.

Ariketak %10: bertaratzea eta problemen ebazpena; azterketa, erantzunen %50 zuzenak behar dira izan.



*1. zatiaren edota 2. zatiaren azterketetara aurkeztuz gero, hauek behin betiko gainditzeko erantzunen %50 zuzenak behar dira izan.



*Ohiko (amaierako azterketaren 1. deialdia) azterketara aurkeztu ahal izateko, ikasturtean zehar emandako irakaskuntza mota desberdinetan parte hartu izana ezinbestekoa izango da. Ohiko azterketan erantzunen %50 zuzena izan behar da ikasgaia gainditzeko.



Azkeneko zein etengabeko ebaluazioaren kasuan, nahikoa izango da proba horretara ez aurkeztea azken kalifikazioa <> izan dadin.



Irakasgai honen ebaluazioa "Graduko Titulazio Ofizialetako Ikasleen Ebaluaziorako Arautegia” eta “Protokoloa, UPV/EHUko ebaluazio probetan eta lan akademikoetan jokabide makur eta iruzurrezkoak eragozteari eta etika akademikoari buruzkoa” izeneko dokumentuetan oinarritzen da (https://www.ehu.eus/eu/web/estudiosdegrado-gradukoikasketak/akademia-araudiak)

Ez Ohiko (amaierako azterketaren 2. deialdia) azterketara aurkeztu ahal izateko, ikasturtean zehar emandako irakaskuntza mota desberdinetan parte hartu izana ezinbestekoa izango da. Ez ohiko azterketaren erantzunen %50 zuzena izan behar da ikasgaia gainditzeko. Ohiko deialdian irakasgaia gainditzen ez denean, urtean zehar gainditu diren ataletako kalifikazioak gordeko dira ikasturte horretako ez-ohiko deialdirako. Urtean zeharreko jardueretan gainditugabeko atalak izanez gero hauek ez dira gordeko eta irakasleak azken azterketan ebaluatu ahal izango ditu atalok, ez ohiko azterketan %100eko balioa lor dezakelarik ikasleak.



Ez Ohiko deialdiari uko egitea: ez aurkeztuz gero ez du deialdirik galduko eta automatikoki ez aurkeztu gisara agertuko da aktetan; ikasleak ez dio irakasleari aurretik jakinarazi behar.



Irakasgai honen ebaluazioa "Graduko Titulazio Ofizialetako Ikasleen Ebaluaziorako Arautegia” eta “Protokoloa, UPV/EHUko ebaluazio probetan eta lan akademikoetan jokabide makur eta iruzurrezkoak eragozteari eta etika akademikoari buruzkoa” izeneko dokumentuetan oinarritzen da (https://www.ehu.eus/eu/web/estudiosdegrado-gradukoikasketak/akademia-araudiak)

Irakasgaiaren eGela
https://www.ehu.eus/eu/web/biblioteka/datu-baseen-aurkibide-alfabetikoa (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ eta https://www-webofscience-com.ehu.idm.oclc.org/wos/alldb/basic-search)

Oinarrizko bibliografia

- Wilson, K. and Walker, J. (eds.)(2010). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. 7th edn. Cambridge University Press.

- Roca, P. et al., (2003). Bioquímica. Técnicas y Métodos. Editorial Hélice.

Gehiago sakontzeko bibliografia

- Boyer, R. F. (2009). Biochemistry laboratory: modern theories and techniques. Pearson Education.

Aldizkariak

Ekaia (http://www.ehu.eus/ojs/index.php/ekaia)
Elhuyar (http://aldizkaria.elhuyar.eus/)
Investigación y Ciencia (http://www.investigacionyciencia.es/)

Web helbideak

http://www.zientzia.net/
http://www.ehu.eus/ojs/index.php/ekaia
https://zientziakaiera.eus/kultura-zientifikoko-katedra/
http://zthiztegia.elhuyar.org/

http://workbench.concord.org/database/
http://www.springerprotocols.com/
http://www.sciencedirect.com/science/journals/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
https://apps.webofknowledge.com/