| RASMOL es un programa desarrollado por Roger Sayle que permite visualizar la estructura tridimensional de las moléculas. Es un programa de libre distribución y además tiene el código abierto, de modo que cualquiera que tenga los conocimientos adecuados puede introducir mejoras o adaptar el programa a su uso particular. La dirección desde la que se puede descargar el programa en sus diferentes versiones (Para Linux, para Macintosh y para PC) es: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ En esta página también se pueden descargar otros programas como el Protein Explorer o Chime, que es un plug-in para Internet que permite visualizar moléculas en tres dimensiones con una serie de comandos idénticos a los que se usan en Rasmol. La versión para Windows de RASMOL se llama RASWIN. Para poder visualizar una molécula debemos tenerla en forma de un fichero PDB. Los ficheros PDB son ficheros de texto (se pueden abrir y editar con el Notepad o con cualquier otro editor de texto) que contienen información diversa sobre una molécula y en la que se almacenan, entre otras cosas, las coordenadas tridimensionales de sus átomos y cómo se conectan éstos entre sí. Pincha en este enlace si quieres saber más sobre el formato de los ficheros PDB. Para realizar esta práctica es muy conveniente haber leído previamente la Guía rápida para el uso de RASMOL que tienes en la Bibliografía. Es la que se va a utilizar durante la práctica. En la sección de enlaces se encuentran las direcciones donde puedes conseguir otros programas para visualizar moléculas en tres dimensiones. Si quieres, puedes traer cuatro disquetes de ordenador para que durante la clase te grabes el programa RASMOL, el manual de uso y una colección de ficheros PDB correspondientes a diversos tipos de Biomoléculas.
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BIBLIOGRAFÍA
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| Guía rápida para el uso de RASMOL (Es conveniente que te lo imprimas para tenerlo a mano durante la práctica) ..................................................................... | |
| Manual de RASWIN 2.6 en Castellano ............................................................... |
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| El formato de un fichero PDB (En inglés) ........................................................... |
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| ENLACES RASMOL Y OTROS PROGRAMAS PARA VISUALIZAR MOLÉCULAS EN 3D 1.- Rasmol Home Page - 2.- El formato de un fichero pdb -- Ejemplo de un fichero pdb 3.- Visualización del fichero pdb de la equinatoxina (hay que tener CHIME instalado en el ordenador):
4.- Guía para usar el comando "Select" en Rasmol y Chime (en inglés, muy útil) 5.- Protein Explorer Front Door (Versión nueva) -- Protein Explorer Front Door (versión antigua) 6.- Protein explorer en castellano (versión 1.86) 7.- CHIME se ha quedado anticuado - Le sustituye Jmol 8.- Cn3D 4.1 (Permite ver a la vez la estructura tridimensional, la secuencia y el alineamiento) 9.- Tutorial para el uso de Cn3D 4.1 10.- Pymol. Otro programa de visualización de moléculas en tres dimensiones de distribución libre para estudiantes y profesores. 11.- Chimera. Otro programa de visualización de moléculas 12.- Swiss Pdb-Viewer Home page: Para que te descargues el programa Swiss Pdb-Viewer (también conocido con el nombre de Deep View) en las versiones para PC, Macintosh o Linux. También encontrarás el manual de usuario, un tutorial, ejemplos, trucos, etc. 13.- Tutorial sobre el uso del PDB Swiss PDB-Viewer (DeepView) 14.- MolViz.org (Molecular Visualization Resources) 15.- Crystallography made crystal clear BASES DE DATOS 1.- Protein data bank (PDB) -- Nucleic Acid Database (NDB) -- Tutorial del PDB (en inglés) 2.- Structure (MMDB) (NCBI) -- Membrane proteins of known structure 3.- PDB Sum -- EC-PDB (Enzimas con estructura 3D conocida) -- 4.- Proteopedia |
