Los Institutos Universitarios de Investigación son Centros dedicados a la investigación científica, técnica y humanística o a la creación artística, en los que además se podrán realizar actividades docentes referidas a enseñanzas especializadas o a cursos de postgrado y proporcionar asesoramiento técnico en el ámbito de su competencia.

Los institutos listados a continuación se integran de forma plena en la organización la universidad.

• Instituto de Investigación y Desarrollo de Procesos
• Instituto Vasco de Criminología
• Instituto de Economía Aplicada a la Empresa
• Instituto de Economía Pública
• Instituto de Derecho Cooperativo y Economía Social (GEZKI)
• Instituto de Tecnología Microelectrónica
• Instituto de Historia Social "Valentín de Foronda"
• Instituto de Estudios sobre el Desarrollo y Cooperación Internacional (HEGOA)
• Instituto Universitario de Materiales Poliméricos (POLYMAT)
• Instituto de Lógica, Cognición, Lenguaje e Información (ILCLI)
• Instituto de Euskara
• Instituto de Ciencias de la Antigüedad

Los Institutos Universitarios de Investigación se rigen por lo dispuesto en sus respectivos reglamentos internos y en el Reglamento Marco de los Institutos Universitarios de Investigación de la UPV/EHU.